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Suggestive Annotation: A Deep Active Learning Framework for Biomedical Image Segmentation

作者：Lin Yang, Yizhe Zhang, Jianxu Chen, Siyuan Zhang, Danny Z. Chen

针对问题：

1、医学方向训练集数据较少

2、仅专业人士能进行标注，耗费人力物力，数据集数量难以快速提升

贡献点：

1、提出了新的全卷积网络（FCN），在测试数据集上取得了很好的结果

2、FCN的不确定性和相似性评估uncertainty estimation and similarity estimation

3、有效训练数据的选择方法

解决方案：

全卷积FCN+active learning

Present a deep active learning framework that combines fully convolutional network (FCN) and active learning to significantly reduce annotation effort by making judicious suggestions on the most effective annotation areas.

结果：

使用50%的数据集即可获得当前最好的结果。

数据集：

1、2015 MICCAI Gland Challenge dataset

MICCAI 有 85 training images 和 80 testing images (60 Part A; 20 Part B).

2、lymph node ultrasound image segmentation dataset

有37 training images和37 testing images.

网络结构：

首先用较少的训练数据迭代训练FCN得到uncertainty和similarity两个信息从而确定接下来需要送进去的标注图片，再将这些选好的标注图片送到网络一同训练。

细节描述：

1、FCN

结构如下：

结构主要托生于DCAN（Dcan: Deep contour-aware networks for accurate gland segmentation），是2016CVPR的一篇文章所提网络结构。

训练速度快：使用residual networks 和 batch normalization

训练参数少：使用bottleneck design但保证相同的特征层数（active learning的前期阶段训练样本极少，参数过多则难以训练）

2、Uncertainty estimation and similarity estimation

不确定性uncertainty：

方法：Bootstrapping（在训练集中进行放回抽取形成一系列子集并分别训练模型，计算方差）。每个训练样本的不确定性是每个像素不确定性的平均值。

由下图（d）可知，每个像素不确定性和准确率成负相关。

相似性similarity：

输入图片记为I_i ，编码部分的最后一个卷积层的输出记为I_i^f ，为了具有平移旋转不变性，将I_i^f每个通道取平均获得I_i^c 。定义两张图片相似性为

sim(I_i; I_j) = cosine similarity(I_i^c; I_j^c) 下图展示了一组相似图片。

3、标注建议

需要进行标注的数据需要具有很强的不确定性和代表性。其中不确定性更为重要。因而，标注数据的选择主要分为两步：（1）选择不确定性很强的样本（2）选择其中代表性很强的样本。

打字比较麻烦，手写总结一下：

论文中每次选择标注数据 k = 8, 不确定性子集K = 16，2000 training iterations, 4 FCNs. The waiting time between two annotation suggestion stages is 10 minutes on a workstation with 4 NVIDIA Telsa P100 GPU. 使用 5% training data 作为 validation set选择模型。

【阅读笔记】Suggestive Annotation: A Deep Active Learning Framework for Biomedical Image Segmentation

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原文地址：http://www.cnblogs.com/xiangfeidemengzhu/p/7410782.html