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1、 Bioconda是一个自动化管理生物信息软件的工具，就像APPstore、360软件管家一样。
Bioconda的优点是安装简单，各个软件依赖的环境一同打包且相互隔离，非常适合在服务器中建立自己的生物信息分析环境
1.下载和安装miniconda
bioconda的使用首先需要安装miniconda
wget https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-4.3.21-Linux-x86_64.sh下载完成后，在终端键入bash命令进行安装：
bash Miniconda-latest-Linux-x86_64.sh
之后按照提示点击回车，输入要安装的位置，或者输入yes
输入yes后，还没有完成最后安装，还需要source一下：
source ~/.bashrc
输入“conda list”来查看已经安装的软件：
2.添加channels
conda config --add channels conda-forge
conda config --add channels defaults
conda config --add channels r
conda config --add channels bioconda查看已经添加的channels：
conda config --get channels3.更新miniconda
conda update conda 4.卸载miniconda
删除miniconda的整个文件夹：
rm -rf ~/miniconda #这个命令不靠谱，需要去root文件夹中确认要删除的miniconda文件夹的名称
从环境变量中去掉miniconda：打开~/.bashrc文件，删掉最下面的miniconda的路径，关闭并保存
5.利用Bioconda安装生物信息软件要通过conda安装软件，首先从这里（Available packages）查找该软件是否被conda支持。如果支持，只需输入以下命令即可安装：
conda install fastqc（软件名）
安装完成后，可以用“which 软件名”来查看该软件安装的位置：
或者再次查看已安装软件列表“conda list”
conda默认安装软件的最新版本，如果想安装指定版本的某个软件，可以先用“conda search 软件名”搜索软件版本
星号标记的表示是已经安装的版本。要安装其他版本，输入：
conda install 软件名=版本号
这时conda会先卸载已安装版本，然后重新安装指定版本。
更新指定软件：
conda update 软件名
卸载指定软件：
conda remove 软件名
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原文地址：http://www.cnblogs.com/modaidai/p/7414051.html
