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外显子分析弹错解决方案:Invalid command line: Cannot process the provided BAM/CRAM file(s) because they were not indexed.

时间:2017-10-28 18:52:44      阅读:192      评论:0      收藏:0      [点我收藏+]

标签:logs   com   解决   invalid   use   man   amt   div   ram   

出现这种问题说明bam/cram文件没有进行index.

Samtool能解决这个问题,以bam文件为例,输入以下命令行即可解决问题:

/path/to/your/samtools index file.bam

  

 

外显子分析弹错解决方案:Invalid command line: Cannot process the provided BAM/CRAM file(s) because they were not indexed.

标签:logs   com   解决   invalid   use   man   amt   div   ram   

原文地址:http://www.cnblogs.com/chenwenyan/p/7747568.html

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