pacbio bax.h5文件处理及ccs计算

标签：smr   back   idg   ons   img   sub   格式   AC   seq   

 1.NCBI文件格式如下：

2.格式转换

(1) bas.h5 -> ccs

source /share/nas2/genome/biosoft/smrtanalysis/2.3.0/smrtanalysis/current/etc/setup.sh

bash5tools.py --readType subreads --outType fasta /path/to/bas.h5

(2) bax.h5 -> ccs

需要各个文件进行转换并进行合并

3.文件格式

PacBio CCS (Circular Consensus Sequence) or RoI (Read of Insert) read

pacbio bax.h5文件处理及ccs计算

标签：smr   back   idg   ons   img   sub   格式   AC   seq   

原文地址：https://www.cnblogs.com/zwj-pot/p/8861712.html