在1959年当人类第一次在海洋里发现巨兽哥斯拉的存在，人类认为它具有可怕的潜在威胁，于是决定将他消灭，当时就使用核弹对他进行攻击，不过核弹还是没能将哥斯拉杀死，只是使其沉睡于大海（就跟奥特曼剧情一样）。接着人类就开始在哥斯拉沉睡的地点对他进行高度秘密的监控。而几十年之后菲律宾矿山地底发现巨大的变种异形（MUTO)的残骸，并有两只疑似虫卵的东西已经破壳孵化，但幼虫已不见踪影。后来才知道一只幼虫（雄性）袭击了日本核电厂（就是夺走了主人翁母亲生命的那次事故），并在电站旁边以核能为食像蝴蝶一样结了茧（15年后日本秘密研究的那个东西便是虫茧），另一只则躲藏在美国地底的核废料基地（雌性）。他们各自以核能为食物生长发育并互相用电磁波进行勾兑。然而他们所发出的电磁波也使沉睡在海底的哥斯拉躁动不安（在逐渐被唤醒）。当两只异形怪物一同破茧而出并相约旧金山进行交配的那一刻，人类监控哥斯拉的秘密组织发现哥斯拉也同时苏醒，但还不明白这两者有什么联系。后来人类的军舰和航母同行跟踪哥斯拉，才发现哥斯拉也是朝着旧金山方向奔去，人类才猜想哥斯拉会不会是针对那两只怪物而去的。但他们还是不相信哥斯拉，当哥斯拉出现在旧金山大桥时依然在他身后开火，但哥斯拉并没有理会身后的军舰而是继续向前方敢去。后来人类实在敌不过这两只长翅膀的怪物，才决定抱着试一试的态度，先静观其变不管哥斯拉，同时派遣了一只行动小组去爆破变异怪物的虫卵。当时行动小组跳伞进入了由于建筑物坍塌的尘土而不见天日的旧金山，他们才看到哥斯拉的确是在与怪物战斗。接着小组摧毁了虫卵，而哥斯拉打败了这两只怪物。最后哥斯拉由于疲惫不堪而倒头酣睡，第二天一觉醒来便回到了大海的怀抱。由此可见，哥斯拉根本就不会对人类造成威胁，它更相当于是一种自然的力量，一种守护地球的生态平衡的力量。因为人类实在太渺小，哥斯拉这种等级的怪兽是觉察不到或者不放在眼里的，就跟花花鸟鸟差不多的东西，而当可怕异性生物出现的时候，哥斯拉才会察觉并要除之而免后患。想想如果那个异性的虫卵能够孵化，那将是对地球一种怎样毁灭性的打击，而到那个时候恐怕哥斯拉再强也敌不过一群那种级别的怪物。而我猜想哥斯拉可能是一只，但寿命长得难以想象，所以不会像那个异性怪物那样产那么多乱来破坏地球。而繁殖多半是在死亡之前才进行一次无性繁殖。影片告诉我们，一种生命的存在，就必然有它存在的道理。请保护地球，不要让更多的生物在我们的眼前消失。
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