码迷,mamicode.com
首页 > 其他好文 > 详细

多序列比对后可视化之texshade

时间:2018-07-08 11:15:12      阅读:601      评论:0      收藏:0      [点我收藏+]

标签:sans   工具   font   msf   pku   http   双击   ups   图像   

准备工作

1)中文的 LaTeX - CTEX

2)LaTeX 的*.tex 的编辑工具-Texmarker

3)TEXshade宏包

技术分享图片

二:安装

1) 直接双击运行下载的CTEX,安装过程中,可以不安装Ghostscript、GSview和WinEdt三个组件

2)双击安装Texmaker,直接下一步安装,点击“Close”完成

3)将解压texshade.zip

技术分享图片

4) 在 Windows的 “开始”-运行中输入“cmd”,路径转到 TEXshade所在的目录下,此时输入“Latex texshade.ins”,回车,如果出现下图的信息,说明编译通过。

技术分享图片

 

5)重复输入“Latex texshade.ins”再次编译,texshade.ins 编译2-3次后退出Windows命令行窗口,返回到TEXshade目录,此时比先前多了一些文件,这些是都编译生成的,如:AQPDNA.MSF 是比对的示例文件。

三:应用

很多人都会觉得这么漂亮的图肯定做出来很复杂,其实TEXShade需要的很简单,输出上面的结果其实也就是几分钟的事情,前提是需要你准备好需要展示的序列,记录好要标注的位置就OK!

例如:对于下面这个看似复杂的可视化结果,其实我们需要的代码很少,只需要5行代码就足够了!
技术分享图片

上图对应的TEX代码:

技术分享图片

第一行指定了我们的输入文件,通常是比对的结果文件
第二行是指定了TEXshade的显示模式,这里用根据 不同 functional groups的chemical properties标注颜色
第三行是表示只显示第一条序列(AQP1.PRO)138-170个碱基范围
第四号表示显示 legend
第五行表示代码结束

其实TEXshade能做的很多,要靠大家的想象,我一向认为,只要人能想得出,数据可视化就能做得到。

图像实例:
技术分享图片

 

技术分享图片

 

技术分享图片

 

 

 

 

 

 

多序列比对后可视化之texshade

标签:sans   工具   font   msf   pku   http   双击   ups   图像   

原文地址:https://www.cnblogs.com/djx571/p/9279429.html

(0)
(0)
   
举报
评论 一句话评论(0
登录后才能评论!
© 2014 mamicode.com 版权所有  联系我们:gaon5@hotmail.com
迷上了代码!