temp1

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1.从bam文件中提取位点的测序深度

samtools depth -b intervals.bed 1.bam 

intervals.bed文件包括需要提取的位点

chr1 39717581

chr1 39898741

chr1 40928207

chr1 91405097

chr1 99225626

chr1 150812033

chr1 155448184

chr1 160098527

2.提取所有位点的ref_depth和var_depth

temp1

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原文地址：https://www.cnblogs.com/qiniqnyang/p/9330666.html