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perl脚本:读取fasta序列

时间:2018-08-12 11:58:58      阅读:823      评论:0      收藏:0      [点我收藏+]

标签:next   for   脚本   use   warning   seq   new   mat   ext   

#! /usr/bin/perl
use strict;
use warnings;
use Bio::SeqIO;

my $file=shift;

my $fa=Bio::SeqIO->new(-file=>$file,-format=>‘fasta‘);

while(my $seq_obj=$fa->next_seq){
my $id=$seq_obj->id;
my $seq=$seq_obj->seq;
print ">$id\n$seq\n";
}

perl脚本:读取fasta序列

标签:next   for   脚本   use   warning   seq   new   mat   ext   

原文地址:https://www.cnblogs.com/erinaceinae/p/9462040.html

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