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aiway转录组pipline

时间:2018-09-13 14:02:52      阅读:131      评论:0      收藏:0      [点我收藏+]

标签:cat   list   class   图片   public   line   family   一个   配置环境   

一) 安装流程软件

下载软件,配置环境变量,这里不做介绍

二)下载原始数据

2.1)建SRR_Acc_List.txt文件放置将要下载的SRR号(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra?term=SRP033351)

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#查看step1脚本的内容:cat step1_download_rawdata.sh
echo start at time 
cat /home/jxdong/airway/doc/SRR_Acc_List.txt |while read id ;do (prefetch  ${id} &);done
echo finish at time 
##投递脚本
nohup bash step1_download_rawdata.sh &
##如果下载速度很慢的话,用下面的命令杀掉:
#ps -ef |grep prefetch|awk ‘{print $2}‘|while read id ;do kill ${id};done

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结果:该步骤会自动生成一个文件夹里面放置的下载的数据:/home/jxdong/ncbi/public/sra

l -lh /home/jxdong/ncbi/public/sra

 

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标签:cat   list   class   图片   public   line   family   一个   配置环境   

原文地址:https://www.cnblogs.com/djx571/p/9639794.html

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