标签：rgs 文件夹 gen bubuko mkdir 配置文件 数据处理 idt shell
下载软件，配置环境变量，这里不做介绍
在/home/jxdong/WES/下建立以下文件夹：mkdir {raw,qc,clean,result,src}
NCBI/public/sra：放置下载的原始sra数据（自动生成的）
raw文件夹:将sra原始数据处理成fastq数据
src文件：放置流程中所用脚本，shell
qc文件夹：用于存放qc结果
doc文件：用于放置配置文件
clean 文件夹：放置过滤后的数据
result文件夹：用于放置流程每一步的结果文件
二）查看原始数据
三）对数据质控与过滤
#####cat step1_qc.sh
#################质控(fastqc)################## find /home/jxdong/WES/raw/ -name *gz |xargs fastqc -t 10 -o /home/jxdong/WES/qc ############必要的文件制作################## find /home/jxdong/WES/raw/ -name *gz | grep 1.fastq.gz > /home/jxdong/WES/doc/read1.txt find /home/jxdong/WES/raw/ -name *gz | grep 2.fastq.gz > /home/jxdong/WES/doc/read2.txt paste /home/jxdong/WES/doc/read1.txt /home/jxdong/WES/doc/read2.txt > /home/jxdong/WES/doc/read_1_2.txt ###########trim_galore过滤############### cat /home/jxdong/WES/doc/read_1_2.txt |while read line do arr=(${line}) fq1=${arr[0]} fq2=${arr[1]} echo $fq1 $fq2 trim_galore -q 25 --phred33 --length 36 -e 0.1 --stringency 3 --paired -o /home/jxdong/WES/clean $fq1 $fq2 done
####投递脚本
nohup bash step1_qc.sh &
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原文地址：https://www.cnblogs.com/djx571/p/9650453.html
