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WES流程pipline

时间:2018-09-15 13:12:13      阅读:239      评论:0      收藏:0      [点我收藏+]

标签:rgs   文件夹   gen   bubuko   mkdir   配置文件   数据处理   idt   shell   

一) 安装流程软件

下载软件,配置环境变量,这里不做介绍

在/home/jxdong/WES/下建立以下文件夹:mkdir {raw,qc,clean,result,src}

NCBI/public/sra:放置下载的原始sra数据(自动生成的)

raw文件夹:将sra原始数据处理成fastq数据

src文件:放置流程中所用脚本,shell

qc文件夹:用于存放qc结果

doc文件:用于放置配置文件

clean 文件夹:放置过滤后的数据

result文件夹:用于放置流程每一步的结果文件

二)查看原始数据

技术分享图片

三)对数据质控与过滤

#####cat step1_qc.sh
#################质控(fastqc)################## find /home/jxdong/WES/raw/ -name *gz |xargs fastqc -t 10 -o /home/jxdong/WES/qc ############必要的文件制作################## find /home/jxdong/WES/raw/ -name *gz | grep 1.fastq.gz > /home/jxdong/WES/doc/read1.txt find /home/jxdong/WES/raw/ -name *gz | grep 2.fastq.gz > /home/jxdong/WES/doc/read2.txt paste /home/jxdong/WES/doc/read1.txt /home/jxdong/WES/doc/read2.txt > /home/jxdong/WES/doc/read_1_2.txt ###########trim_galore过滤############### cat /home/jxdong/WES/doc/read_1_2.txt |while read line do arr=(${line}) fq1=${arr[0]} fq2=${arr[1]} echo $fq1 $fq2 trim_galore -q 25 --phred33 --length 36 -e 0.1 --stringency 3 --paired -o /home/jxdong/WES/clean $fq1 $fq2 done
####投递脚本
nohup bash step1_qc.sh &

 

WES流程pipline

标签:rgs   文件夹   gen   bubuko   mkdir   配置文件   数据处理   idt   shell   

原文地址:https://www.cnblogs.com/djx571/p/9650453.html

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