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一个关于对比(参考基因组)的弱智错误

时间:2018-11-10 16:49:21      阅读:587      评论:0      收藏:0      [点我收藏+]

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一个关于对比(参考基因组)的弱智错误

在重复文章:AKAP95 regulates splicing through scaffolding RNAs and RNA processing factors. Nat Commun 2016 Nov 8;7:13347. PMID: 27824034中的工作时,用的是hisat2软件做比对,比对脚本如下:

for id in SRR35899{56,57,58,59,60,61,62};
do 
echo "Processin sample ${id}"
hisat2 -p 4 -x /trainee/home/amliang/reference/hisat2/hg19/genome -1 /trainee/home/amliang/data/clean/${id}.sra_1_val_1.fq.gz -2 /trainee/home/amliang/data/clean/${id}.sra_2_val_2.fq.gz -S /trainee/home/amliang/data/align/align2/${id}.hisat.sam
done
  • 1
  • 2
  • 3
  • 4
  • 5

比对结果发现,除了SRR3589956,SRR3589957,SRR3589958三个样本比对率较好,其余样本的比对率极低,大大超出了正常范围,只有不到百分之十的比对率,如下图:
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图中可以看出,SRR3589958的比对率达到97.12%,但SRR3589959的比对率就只有8.37%,低得有点离谱,我检查了很多遍脚本,确定没错,然后又谷歌了比对率过低相关问题,也各有各的说法,并不能解决问题,最后无奈,去看了下原文,发现,原来参考基因组搞错了,只有前面三个样本是人类,后面的都是小鼠的,
真是弱智一般的错误:
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解决办法:

然后,用小鼠的参考基因组索引比对了一下剩下的4个样本,59~62

for id in SRR35899{59,60,61,62};
do 
echo "Processin sample ${id}"
hisat2 -p 4 -x /trainee/home/amliang/reference/hisat2/mm10/genome -1 /trainee/home/amliang/data/clean/${id}.sra_1_val_1.fq.gz -2 /trainee/home/amliang/data/clean/${id}.sra_2_val_2.fq.gz -S /trainee/home/amliang/data/align/align2/align3/${id}.hisat.sam
done
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  • 2
  • 3
  • 4
  • 5

发现,比对率正常!
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所以,处理数据的前提是搞明白实验设计。

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一个关于对比(参考基因组)的弱智错误

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原文地址:https://www.cnblogs.com/wangprince2017/p/9939680.html

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