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安装clustalw很简单，不提了。
找了几个蛋白序列进行比对，命名为dm.fasta
1、输入 ./clustalw2 进入交互模式
2、选择1 并输入文件名字
3、输入2， 进行多序列比对
4、如果要修改输入格式，则点9
5、若要输出格式为phylip，则点4，并关闭1
6、按下回车，后退
7、选择1进行比对, 因为phylip输入文件为名infile， 所以这里直接改名字infile，并退出软件即可
安装phylip
减压后，进入src 并输入 make -f Makefile.unx install
然后进入exe, 并将刚才比对结果infile 移到exe中。
进行构建树：
1、最大似然
直接输入./proml ， 输入y进行确定参数，得到两个文件，outtree 和outfile，若想图形化，则将outtree 改为outtree.tre 可在mega上查看
2、临接法
先输入./protdist. 计算各个序列中两两序列的距离，得到距离矩阵。将该结果文件改名为infile，并进行临接法构进化树，方法为；输入./neighbor.用同样的方法可以在mega上查看图像
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原文地址：https://www.cnblogs.com/zhanmaomao/p/10127089.html
