Pysam 处理bam文件

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Pysam可用来处理bam文件

安装：

用 pip 或者 conda即可

使用：

Pysam的函数有很多，主要的读取函数有：

• AlignmentFile：读取BAM/CRAM/SAM文件

• VariantFile：读取变异数据（VCF或者BCF）

• TabixFile：读取由tabix索引的文件；

• FastaFile：读取fasta序列文件；

• FastqFile：读取fastq测序序列文件

一般常用的是第一个和第二个。

例子：

import pysam

bf = pysam.AlignmentFile("in.bam","rb");  其中r = read， b：binary.  二进制文件。   bam文件index

bf是一个迭代器，可以next（）或者for读取

for i in bf:

    print i.reference_name,i.pos,i.mapq,i.isize

结果：

ctg000331_np121 144935 27 -284
ctg000331_np121 144940 48 291
ctg000331_np121 144941 48 309
ctg000331_np121 144944 48 255
ctg000331_np121 144946 27 -370
ctg000331_np121 144947 27 -346

• i.reference_name代表read比对到的参考序列染色体id；

• i.pos代表read比对的位置；

• i.mapq代表read的比对质量值；

• i.isize代表PE read直接的插入片段长度，有时也称Fragment长度；

一些功能：

• check_index() 

          检测index文件是否存在存在即为true

• close（）

          用完记得关闭

Pysam 处理bam文件

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原文地址：https://www.cnblogs.com/zhanmaomao/p/11990448.html