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重复序列注释

时间:2019-12-09 17:13:50      阅读:292      评论:0      收藏:0      [点我收藏+]

标签:ret   nbsp   识别   github   html   组件   des   https   repeat   

 

RepeatModeler:RepeatModeler可用来从头对基因组的重复序列家族进行建模注释,它的核心组件是RECON和RepatScout。

 

LTR_FINDER:LTR_Finder is an efficient program for finding full-length LTR retrotranspsons in genome sequences.

https://github.com/xzhub/LTR_Finder

 

tRNA 

 

Trf(Tandem Repeats Finder): A tandem repeat in DNA is two or more adjacent, approximate copies of a pattern of nucleotides.

http://tandem.bu.edu/trf/trf.html

 

RepeatMasker: 是一款Library-based,通过相似性比对来识别重复序列,可以屏蔽序列中转座子重复序列和低复杂度序列(默认将其替换成N),几乎用于所有物种,是做基因组、非编码RNA的必备软件。在人类基因组分析当中,大约 56% 的序列会被mask 

 

ProteinMask : 

 

参考来源:

https://www.jianshu.com/p/52621fc935bb

https://www.jianshu.com/p/542c78a8ee0a

重复序列注释

标签:ret   nbsp   识别   github   html   组件   des   https   repeat   

原文地址:https://www.cnblogs.com/bio-mary/p/12011774.html

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