Ka/ Ks|同义替换的三种路径|kaks_Calculator|

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生命组学

研究old gene 和 young gene

CAI选择信号；CGmutation信号

Neutrality plot：CG3与GC1、GC2的关系：平：mutation；正相关：selection signal

Ks Ka

Ka/ Ks代表选择压力，Core gene Ka/ Ks比较小，即纯化选择（负选择）。

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热力学第二定律

利用二进制表示密码表，core gene的随机性更强（热二就是能量越强熵越大）

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Gene gain&loss&duplication time

鉴定essential gene，通过敲除的方式

positive selection：Old >young

In Young gene: single >duplication

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Gene age 与 signatures

使用PCA，发现GC最能解释其变异。

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同义替换的三种路径

找替换的方法：1.近似方法2.最大似然方法，

对同义位点的定义：图

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Model selection考虑参数：

AIC

BIC

LRT：似然比检验

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Software kaks_Calculator

Dating the divergence time

Ka/ Ks|同义替换的三种路径|kaks_Calculator|

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原文地址：https://www.cnblogs.com/yuanjingnan/p/12032145.html