R 小知识积累

1 ## a为一个data frame,取含有RNA-Seq的行
2 index <- grep("RNA-Seq", a$Assay_Type)
3 b <- a[index,]

1 ##不读取带有！的行
2 data <- read.table("file",comment.char="!", sep="\t")

##删除第一列
b<-b[,-1]
##添加行名，列名
rowname(b) <- b[,1]
colname(b) <- b[1,]

1 ##a为一data frame
2 ##最小值
3 sort(a$num)[1] ; 等价min(a$num)
4 ##四分位
5 sort(a$num, decreasing=T)[1] ;  等价max(a$num)
6 ##five number, 最小值，下四分位，中位数，上四分位，最大值
7 fivenum(a$num)
8 ##<5000的行
9 b <- a[a$num < 5000,]

1 ##以2进行分割
2 b <- "adfdfd2jdfkd"
3 strsplit(b, "2")
4 adfdf, jdfkd

 1 ##a, 连续粘贴4次
 2 paste("a",1:5)
 3 结果：
 4 a 1, a 2, a 3, a 4
 5 ##a, 连续粘贴4次,以“-”连接
 6 paste("a",1:5, )
 7 结果：
 8 a-1, a-2, a-3, a-4
 9 
10 ##复制a 4次
11 rep("a", 4)
12 结果：
13 a,a,a,a

1 ##b 为一个data frame, 每一行求平均数
2 apply(b, 1, function(x){
3         mean(x)
4 })
5 其中 1 代表行，2 代表列
6 上面可以简写为：
7 apply(b, 1, mean)