标签：水平 end count 字段 rac mat 定义 core blocks
bed文件（browse extensive data）以及gff文件（general fearture format） bed文件
第一列是染色体或者contig信息。
第二列是起始位置，从0开始。
第三列是终止位置。
第四列是bed列的名字。
第五列是score。
第六列是链方向。
第七列是基因起始。
第八列是基因终止。
第九列是RGB值。
第十列是外显子数量。
第十一列是外显子大小。
第十二列是外显子起始位置。
详解：
首先是三个要求的BED字段
1,chrom, 染色体或scafflold 的名字(eg chr3， chrY, chr2_random, scaffold0671 )
2,chromStart 染色体和scaffold的起始位置，第一个染色体的位置是0
3,chromEn 染色体和scaffold的结束位置，染色体的末端位置没有包含到显示信息里面。例如，首先得100个碱基的染色体定义为chromStart =0 . chromEnd=100, 碱基的数目是0-99
其次9个额外的可选BED字段是:
4,name 定义BED 的名字
5,score 0到1000的分值，如果track线在注释时属性设置为１，那么这个分值会决定现示灰度水平，数字越大，灰度越高。下面的这个表格显示Genome Browser
6,strand 定义链的‘‘+” 或者”-”
7,thickStart 开始的位置，这个特征是画thickly(例如，在开始的编码显示基因的显示
8,thickEnd 结束的位置，这个特征是画thickly例如，在结束的编码显示基因的显示
9,itemRGB An AGB 值的形式, R, G, B (eg. 255, 0, 0), 如果track line itemRgb属性是设置为‘On”, 这个RBG 值将决定数据的显示的颜色在BED 线。 注意， 它推荐简单的颜色方案(eight color or less )是用作这个属性避免颜色资源在基因组浏览器上过多
10,blockCount BED线在exon 的block数目
11,blockSize 用逗号分割block size, 这个item的列表对应于BlockCount
12,blockStarts- 用逗号分割的列表, 所有的blockStart位置应该被计算相关于chromStart, 这个数字的项应该对应于blockCount..
BED文件格式
标签：水平 end count 字段 rac mat 定义 core blocks
原文地址：https://www.cnblogs.com/daxiongblog/p/12449279.html
