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蛋白质序列位置特异性矩阵(PSSM)的获取的准备工作:fasta序列的处理

时间:2020-04-25 22:00:00      阅读:161      评论:0      收藏:0      [点我收藏+]

标签:蛋白质   fast   val   矩阵   out   一个   last   结果   pytho   

由于获取位置特异性矩阵需要使用psiblast -db swissprot -query 0.txt -evalue 0.001 -num_iterations 3 -out_ascii_pssm 0.pssm命令获取,然而该命令只对一个序列比对,如果把大量蛋白质序列输入,其结果会不断更新,最后得到最后那个序列的位置特异性矩阵,所以,需要对于蛋白质序列进行分割成多个文件

代码如下:(这里每个人蛋白质序列所用的长度不同,可根据情况进行调整)

i = 0
fw = open(‘/blast-2.10.0+/bin/0.txt‘, ‘w‘)
for line in open(‘/blast-2.10.0+/bin/1.fa‘, ‘r‘):
    fw.write(line)
    i += 1
    if i % 2 == 0:
        fw.close()
        fw = open(str(i) + ‘.txt‘, ‘w‘)
fw.close()

蛋白质序列位置特异性矩阵(PSSM)的获取的准备工作:fasta序列的处理

标签:蛋白质   fast   val   矩阵   out   一个   last   结果   pytho   

原文地址:https://www.cnblogs.com/cong3Z/p/12775480.html

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