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将多维液相层析-串联质谱法 (MudPIT)与单独用RP-HPLC和 LC-MS进行比较，串联方法大大增加了一次可鉴定到的肽的数量。串联法有助于进一步蛋白质/多肽混合物分离，以便质谱仪能够获得更多组分的数据。此外，串联液相色谱法也有助于从含有蛋白质的低丰度混合物中鉴定肽。用MudPIT方法对酵母蛋白的分析表明，从低丰度蛋白样品中鉴定蛋白质/多肽的方法有了显著的改进。这与2D SDS-PAGE相反，后者更适用于鉴定高表达的蛋白质。
多维液相层析-串联质谱法优于2D SDS-PAGE法主要是由于两个因素。首先，从二维凝胶中选择蛋白质进行消化，只有在通过染色可以看到蛋白质的情况下才能进行质谱分析。然而，许多质谱仪的检测限都低于凝胶染色法检测蛋白质的水平。因此，如果看不到蛋白质点，就无法进行采集和分析，那么也就无法收集到有关该蛋白质的数据。其次，在混合物中处理蛋白质可能会产生“载体效应”，其中丰度较高的肽会防止丰度较低的肽的丢失。当一个样品浓度非常稀，材料又很少（如从非常弱的二维凝胶点获得的样品）时，由于其表面和其他加工成分的相互作用，部分样品损失的可能性就很高。在含有更多其他蛋白质/多肽组分且更复杂的混合物中，丰度更高的肽也会吸附到系统的表面，并减少哪些丰度不高的成份的损失。
图2. 肽混合物的强阳离子交换和反相高效液相色谱的多级分馏示意图
由此看来，LC分离模式的其他组合也很有用，包括强阴离子交换/RP以及亲和性/RP-HPLC。串联液相色谱在蛋白质组分析中的应用必然会在未来有更为广泛的应用和发展。
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北京百泰派克生物科技采用高分辨率质谱平台技术，包括Thermo Fisher的Q Exactive质谱仪，LTQ Orbitrap Velos质谱仪，以及AB SCIEX的6500 Q TRAP质谱仪，结合 Nano-LC高通量液相色谱技术，能够对SDS-PAGE蛋白条带、2D蛋白胶点等样品中的蛋白质进行高效精准鉴定。胶条、胶点蛋白质谱鉴定服务可保证100%的鉴定率。
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