标签：his sof ase 版本号 conf 导致 针对 within pat
系统：Centos
安装sratoolkit：
从NCBI下载sratoolki2.10.7。按照网页要求提示即可。
网址：https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?view=toolkit_doc
我认为这个工具是免安装的，下载到本地，配置一下即可（配置不可少，我下面的折腾就是没有配置、配置错误导致的）。
我的做法：
下载到本地后，进入bin文件下的fastq-dump命令，报错：
执行命令：bin/fastq-dump
This sra toolkit installation has not been configured. Before continuing, please run: vdb-config --interactive For more information, see https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra/docs/sra-cloud/
我很疑惑，为何会有错。按照往常的经验，直接执行bin下面的命令是可以的啊！
不撞南墙不回头，我继续试错：
执行命令：prefetch -v SRR12003611 Maximum file size download limit is 20,971,520KB 2020-06-24T06:21:11 prefetch.2.5.2: Using ‘ascp‘ 2020-06-24T06:21:11 prefetch.2.5.2: Using ‘ascp‘ 2020-06-24T06:21:11 prefetch.2.5.2: Using ‘/home/yuzh/.aspera/connect/bin/ascp‘ 2020-06-24T06:21:11 prefetch.2.5.2 err: error unexpected while resolving tree within virtual file system module - failed to resolve accession ‘SRR12003611‘ - Obsolete software. See https://github.com/ncbi/sra-tools/wiki/Obsolete-software ( 406 ) 2020-06-24T06:21:12 prefetch.2.5.2 err: name incorrect while evaluating path within network system module - Scheme is ‘https‘ 2020-06-24T06:21:12 prefetch.2.5.2 err: path not found while resolving tree within virtual file system module - ‘SRR12003611‘ cannot be found.
哎，从不敢相信竟然会出错->默默接受->开始寻求解决办法。
解决：
按照提示，执行 vdb-config --interactive。
按照NCBI此步骤的说明，进行配置。
配置完毕后，仍然有问题。大惑不解！没招了，不知道该怎么办了。
上网，一顿乱搜，仍然无果。
我发现：
我之前安装过sratoolkit.2.5.2，并把它的bin写入了PATH变量中。
那么，由此看来，我执行的vdb-config --interactive可能是sratoolkit.2.5.2下的命令。即：配置的是sratoolkit.2.5.2。而不是我刚刚下载的sratoolkit.2.10.7？
针对此发现的解决之道：
去sratoolkit.2.10.7的目录下，执行./bin/vdb-config --interactive。
出来的配置界面果然与上次的配置界面不同。
配置完毕后，再执行./bin/fastq-dump命令，没有前面的error，执行成功。
更改PATH，此为后话。
总结：
1.任何异常、怀疑都要重视。
比如，我执行fastq-dump时，发现版本号2.5。我心里疑惑了一下下：怎么不是2.10呢？随即，放弃了该疑惑。
如果，我最开始就思考这个疑惑，可能不会折腾这么久。
2.不要受惯性思维驱使。重视系统/工具给出的任何提示，提示就是解决之道。
标签：his sof ase 版本号 conf 导致 针对 within pat
原文地址：https://www.cnblogs.com/zypiner/p/13187648.html
