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特点：
概念：
二次打击学说：
生殖细胞和体细胞突变双重打击引发，体细胞积累起关键。所以后续主要是以体细胞突变研究为主。
癌症基因组研究趋势：
小样本WES——大样本multiomics——新技术（液体活检、免疫疗法、人工智能、微生物与肿瘤、肿瘤数据中心建设）
研究情况：
突变特征：
功能划分：
基本数据分析：
肿瘤高级分析与整合：
内容：
四大模块：
常规肿瘤（regular-mutated mutations） VS 超突变肿瘤（hyper-mutated mutations）？
一般要将这两种类型样本区分来进行数据分析。
超突变样本：
体细胞突变数目显著高于常规肿瘤样本。致癌机制一般不同于正常突变肿瘤。
超突变来源：
外源性诱变、内源性突变、错配修复基因突变。
如何判断超突变样本：
SMGs（significantly mutated genes）显著突变基因（驱动基因，肿瘤发生发展起关键作用）
SMGs鉴定软件：
肿瘤中体细胞突变大部分是由于暴露诱发，各种诱发因素在突变特征谱上表现不同。
目的：
为了描述肿瘤在形成过程中哪个突变特征代表的内界或外界环境因素起着至关重要的致癌作用。
总共96种突变特征类型：单碱基替换6种类型（如下图）* 前1bp的4种碱基 * 后1bp的4种碱基 = 64
将各种诱发因素相关的突变特征频谱进行拆解。
软件：
signatures突变特征数据是不定期更新的。
癌症基因组中复制和转录产生的链非对称性普遍存在。
非对称性突变原因：
软件：
MHC：
即主要组织相容性复合体，又称主要组织相容性复合基因，是存在于大部分脊椎动物基因组中的一个基因家族，与免疫系统密切相关，其中人类的MHC糖蛋白又被称为人类白血球抗原（HLA）。
肿瘤新抗原：
肿瘤细胞产生的非同义突变会导致肿瘤细胞表达异常蛋白，这些异常蛋白如果在细胞内被降解为短肽段（抗原表位），再与MHC分子高亲和力结合，并以复合物形式呈递到细胞表面，将被T细胞识别并引起T细胞活化，进而攻击肿瘤细胞，这种会引起T细胞活化的异常蛋白被称为肿瘤新抗原。
通过对非同义体细胞突变的分析，结合患者的HLA分型可以预测出新抗原。
软件：
生殖系突变又称为遗传性突变，是通过父母遗传给后代的突变。这些突变往往在肿瘤易感中发挥重要作用。了解它们可提前预防，减少患癌风险。
软件：
GISTIC
SV signature类似于mutation signature，不同突变特征的产生代表了不同的变异机制。
首先采用DBSCAN聚类算法来区分局部聚集的和分散的体细胞SV，然后根据变异类型（倒位、缺失、串联重复和易位）和长度（1-10kb, 10-100kb, 0.1-1Mb, 1-10Mb, >10Mb）将结构变异分为32类，最后使用贝叶斯非负矩阵分解（NMF）算法来提取SV特征以鉴定不同的重排模式。
研究目的：
肿瘤异质性：
克隆进化研究意义：
阐释肿瘤发生、发展和转移过程中的细胞群体变化规律，找出针对肿瘤不同发展阶段的主要瘤内亚克隆的治疗策略。
分析：
分析结果一般以鱼型图或进化树方法展示：
基因之间通常相互作用，在某些生物学功能中发挥重要作用。
通路富集初步分析基因可能参与的生物学过程或信号通路，了解肿瘤发生发展机制。
观察基因突变间的相互作用以及突变类型上的一些规律，结合基因功能、样本分群或肿瘤亚克隆分类等阐释生物学意义。
应用：
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原文地址：https://www.cnblogs.com/jessepeng/p/13222228.html
