武汉流感病毒基因组与SARS基因组的相似性

标签：soc   oci   来源   技术   mic   结果   mamicode   leo   工作者   

所以我们能够以最快的速度拿到病毒基因组，下面是该病毒基因组和SARS病毒基因组的简单比较。结果仅供参考。

武汉新冠状病毒基因组共有30473个碱基，SARS病毒基因组29751个碱基，通过blast比对二者基因组，有21905个碱基能够准确比对到SARS基因组中，武汉病毒基因组和SARS病毒基因组有大约72%的相似性。

下图是两种病毒基因组中4种碱基占比，其中SARS病毒基因组中GC含量略高一些。

【新病毒基因组和SARS病毒基因组中各个碱基含量占比】
通过VGAS工具http://cefg.uestc.cn/vgas/，对该病毒基因组进行注释，结果得到11的蛋白编码序列。下面为11个序列的区域和相关注释基因：

    起始点  终止点  长度  编码基因
 1:   282 13499 13218    orf1a polyprotein (pp1a)
 2: 13784 21571  7788  orf1ab polyprotein (pp1ab)
 3: 21552 25400  3849   E2 glycoprotein precursor
 4: 25409 26236   828 hypothetical protein sars3a
 5: 26261 26488   228                        <NA>
 6: 26539 27207   669              matrix protein
 7: 27410 27775   366 hypothetical protein sars7a
 8: 27910 28275   366                        <NA>
 9: 28290 29549  1260        nucleocapsid protein
10: 28300 28593   294                        <NA>
11: 29574 29690   117                        <NA>

【提示：可左右滑动，显示全部】

基因组图如下

【新病毒基因组与SARS病毒碱基匹配率（上），以及新病毒基因组基因注释（下）】

图中上图表示在新病毒基因组中和SARS病毒基因组碱基匹配程度，以100bp大小为窗口扫描基因组。可以看到整个基因组和SARS病毒匹配最低的窗口也在60%以上。底部图是注释基因在新病毒基因组中的位置和长度。

下图是文献资料中SARS基因组注释图，可以和上述新病毒基因组图比较，可以看到具有高度的相似性和同源性。

【SARS病毒基因组图谱，来源见引用文献】

下表是新病毒的7个基因序列和SARS病毒对应基因序列的匹配度。其中编码衣壳蛋白的nuclecapsid具有最高的相似性（89%），其次为pp1ab基因；匹配程度最低的是sars3a，该基因中只有76%碱基序列和SARS病毒相同。

【备注：本文仅供学习参考！】

参考资料：
Marra, M. A., Jones, S. J., Astell, C. R., Holt, R. A., Brooks-Wilson, A., Butterfield, Y. S., ... & Cloutier, A. (2003). The genome sequence of the SARS-associated coronavirus. Science, 300(5624), 1399-1404.
封面图来源：Image Source: CDC/Dr. Fred Murphy

武汉流感病毒基因组与SARS基因组的相似性

标签：soc   oci   来源   技术   mic   结果   mamicode   leo   工作者   

原文地址：https://blog.51cto.com/15069450/2577082