假设有N个待聚类的样本，对于层次聚类来说，基本步骤就是：
1、（初始化）把每个样本归为一类，计算每两个类之间的距离，也就是样本与样本之间的相似度；
2、寻找各个类之间最近的两个类，把他们归为一类（这样类的总数就少了一个）；
3、重新计算新生成的这个类与各个旧类之间的相似度；
4、重复2和3直到所有样本点都归为一类，结束。
整个聚类过程其实是建立了一棵树，在建立的过程中，可以通过在第二步上设置一个阈值，当最近的两个类的距离大于这个阈值，则认为迭代可以终止。另外关键的一步就是第三步，如何判断两个类之间的相似度有不少种方法。这里介绍一下三种：
SingleLinkage ：又叫做 nearest-neighbor ，就是取两个类中距离最近的两个样本的距离作为这两个集合的距离，也就是说，最近两个样本之间的距离越小，这两个类之间的相似度就越大。容易造成一种叫做 Chaining 的效果，两个 cluster 明明从“大局”上离得比较远，但是由于其中个别的点距离比较近就被合并了，并且这样合并之后 Chaining 效应会进一步扩大，最后会得到比较松散的 cluster 。
CompleteLinkage ：这个则完全是 Single Linkage 的反面极端，取两个集合中距离最远的两个点的距离作为两个集合的距离。其效果也是刚好相反的，限制非常大，两个 cluster 即使已经很接近了，但是只要有不配合的点存在，就顽固到底，老死不相合并，也是不太好的办法。这两种相似度的定义方法的共同问题就是指考虑了某个有特点的数据，而没有考虑类内数据的整体特点。
Average-linkage ：这种方法就是把两个集合中的点两两的距离全部放在一起求一个平均值，相对也能得到合适一点的结果。
average-linkage 的一个变种就是取两两距离的中值，与取均值相比更加能够解除个别偏离样本对结果的干扰。
这种聚类的方法叫做agglomerativehierarchical clustering（自顶向下）的，描述起来比较简单，但是计算复杂度比较高，为了寻找距离最近/远和均值，都需要对所有的距离计算个遍，需要用到双重循环。另外从算法中可以看出，每次迭代都只能合并两个子类，这是非常慢的。
另外有一种聚类方法叫做 divisive hierarchicalclustering（自下而上），过程恰好是相反的，一开始把所有的样本都归为一类，然后逐步将他们划分为更小的单元，直到最后每个样本都成为一类。在这个迭代的过程中通过对划分过程中定义一个松散度，当松散度最小的那个类的结果都小于一个阈值，则认为划分可以终止。这种方法用的不普遍，原文也没有做更多介绍。
不管是 agglomerative 还是 divisive 实际上都是贪心算法了，也并不能保证能得到全局最优的。而得到的结果，虽然说可以从直观上来得到一个比较形象的大局观，但是似乎实际用处并不如众多 flat clustering 算法那么广泛。
层次聚类的一个例子，请参考 http://home.dei.polimi.it/matteucc/Clustering/tutorial_html/hierarchical.html
