如何计算测序深度

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假如双端测序得到这两个文件：

L2Y-0_TGACCA_L002_R1.fastq.gz

L2Y-0_TGACCA_L002_R2.fastq.gz

如果用wc -l 看gz文件的行数， 返回的结果是不对的

一般用fastqc看下质量怎么样：

/share/hiseq/SampleProcess/FastQC/fastqc      20_GTGGCC_L000_R1.fastq.gz

后面只需要放一个，自动两个都会跑出来

然后查看结果， 有总序列数目：

这个是单端的。

那么覆盖深度就为：

(total_sequences * 2) * 测序的长度 / 基因组的大小

freemao

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原文地址：http://www.cnblogs.com/freemao/p/4125420.html