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如果您在mardown编辑器中不仅输入markdown，还想输入LateX数学公式，需要将LateX数学公式放在某个html标签之中，比如<p></p>，这样可以避免数学公式中的一些字符被markdown引擎处理。
比如下面的数学公式：
\begin{align}\notag \dot{x}&=\mathbf{A}x+\mathbf{B}u\y&=\begin{bmatrix}1&0\0&1\end{bmatrix}x+\begin{bmatrix}1&0\0&1\end{bmatrix}u \end{align}
在markdown编辑器中要这样写：
<p> \begin{align}\notag \dot{x}&=\mathbf{A}x+\mathbf{B}u\y&=\begin{bmatrix}1&0\0&1\end{bmatrix}x+\begin{bmatrix}1&0\0&1\end{bmatrix}u \end{align} </p>
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原文地址：http://www.cnblogs.com/cmt/p/markdown-latex.html
