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题意：
人类基因由A、C、G、T组成。
有一张5*5的基因表。每格有一个值，叫相似度。例：A-C：-3。意思是如果A和C配对， 则它俩的相似度是-3【P.S.：-和-没有相似度，即-和-不能配对】
现在给两条基因片段。（长度不一定相等）
现在你要在两条基因片段中插入若干个-（空白基因），使得两个基因片段长度相等，且得到的整体相似度的值最大。【再次P.S.：-和-不能配对】
思路：
因为-和-不能匹配，所以插入的-的个数是有限的。
str1的第一个基因可以与str1的第一个或-配对。然后，，，，很快就看到了DP结构，，，
和最长公共子串一样滴的意思，，，
DP方程：dp[i][j]：str1的前i个和str2的前j个能获得的最大相似度值。
看代码，，
代码：
int l1,l2; char s1[105], s2[105]; int S1[105], S2[105]; int a[6][6]={{5,-1,-2,-1,-3},{-1,5,-3,-2,-4},{-2,-3,5,-2,-2},{-1,-2,-2,5,-1},{-3,-4,-2,-1,inf}}; int dp[105][105]; int maxx(int a,int b,int c){ int t=max(a,b); return max(t,c); } int main(){ int T; cin>>T; while(T--){ scanf("%d",&l1); scanf("%s",s1); scanf("%d",&l2); scanf("%s",s2); rep(i,0,l1-1){ if(s1[i]==‘A‘) S1[i]=0; else if(s1[i]==‘C‘) S1[i]=1; else if(s1[i]==‘G‘) S1[i]=2; else S1[i]=3; } rep(i,0,l2-1){ if(s2[i]==‘A‘) S2[i]=0; else if(s2[i]==‘C‘) S2[i]=1; else if(s2[i]==‘G‘) S2[i]=2; else S2[i]=3; } dp[0][0]=0; rep(i,0,l2-1){ dp[0][i+1]=dp[0][i]+a[4][S2[i]]; } rep(i,0,l1-1){ dp[i+1][0]=dp[i][0]+a[S1[i]][4]; } rep(i,1,l1){ rep(j,1,l2){ dp[i][j]=maxx( dp[i-1][j-1]+a[S1[i-1]][S2[j-1]],dp[i-1][j]+a[S1[i-1]][4],dp[i][j-1]+a[4][S2[j-1]] ); } } printf("%d\n",dp[l1][l2]); } return 0; }
hdu 1080 Human Gene Functions（DP）
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原文地址：http://www.cnblogs.com/fish7/p/4248001.html
