ISO9660标准内有三层透通性(Interchange),只有第一层支持大多数的操作系统,第一层要求每个档案的资料必须是连续不中断的方式存放於CD上,每个档案内容不可分开存放或与其他档案交错,档名必须符合英文 A 到 Z,数字 0 到 9 和底线"_"所组成的字集,而且格式必须依照DOS的规定,8 个字元的主档名与 3 个字元的副档名。第二层则是可以采用任何的字元作为档名,包括使用超过 8+3 个字的长档名,但是档案的内容亦不可中断,交错或是分开存放。在第三层则是不受任何的限制。在所有的三层规定中,ISO9660档案系统规定均不可使用超过8层的目录结构。