聚类分析（Cluster Analysis）
一、聚类分析与判别分析
? 判别分析：已知分类情况，将未知个体归入正确类别
? 聚类分析：分类情况未知，对数据结构进行分类
二、Q型和R型 聚类
Q型是对样本进行分类处理，其作用在于:
1.能利用多个变量对样本进行分类
2.分类结果直观，聚类谱系图能明白、清楚地表达其数值分类结果
3.所得结果比传统的定性分类方法更仔细、全面、合理
R型是对变量进行分类处理，其作用在于：
1.能够了解变量间及变量组合间的亲疏关系
2.能够依据变量的聚类结果及它们之间的关系，选择主要变量进行回归分析或Q型聚类分析
1.数据预处理（标准化）
2.构造关系矩阵（亲疏关系的描写叙述）
3.聚类（依据不同方法进行分类）
4.确定最佳分类（类别数）
3.1标准化：
3.1.1为什么要做标准化： 指标变量的量纲不同或数量级相差非常大，为了使这些数据能放到一起加以比較，常需做变换。
3.1.2相关说明：如果有N个样本1,2，…n，每一个样本有m项指标x
1,
x2,…，x
m,用
xij表示第i个样品第j个指标的值，则可得到样品数据矩阵。
3.1.3 经常用法
1)Z Scores：标准化变换
作用：变换后的数据均值为0，标准差为1，消去了量纲的影响；当抽样样本改变时，它仍能保持相对稳定性。
2)Range –1 to 1：极差标准化变换
作用：变换后的数据均值为0，极差为1，且|xij*|<1，消去了量纲的影响；在以后的分析计算中能够降低误差的产生。
3)Maximum magnitude of 1
4)Range 0 to 1（极差正规化变换 / 规格化变换）
作用：变换后的数据最小为0，最大为1，其余在区间[0，1]内，极差为1，无量纲。
5)Mean of 1
作用：变换后的数据均值为1。
6)Standard deviation of 1
作用：变换后的数据标准差为1。
3.2构造关系矩阵
3.2.1描写叙述变量或样本的亲疏程度的数量指标有两种：
?相似系数——性质越接近的样品，相似系数越接近于1或-1；彼此无关的样品相似系数则接近于0，聚类时相似的样品聚为一类
?距离——将每个样品看作m维空间的一个点，在这m维空间中定义距离，距离较近的点归为一类。
3.2.2距离定义方式:
l）欧氏(Euclidean)距离
用途：聚类分析中用得最广泛的距离
但与各变量的量纲有关，未考虑指标间的相关性，也未考虑各变量方差的不同
2）切比雪夫(Chebychev)距离
3）明氏(Minkowski)距离
4)夹角余弦
用途：计算两个向量在原点处的夹角余弦。当两夹角为0o时，取值为1，说明极相似；当夹角为90o时，取值为0，说明两者不相关。
取值范围：0~1
5)Pearson相关系数
6)Block：绝对值距离（一阶Minkowski度量）
1)系统聚类法（又称谱系聚类,实际应用中使用最多）。
2) 调优法（如动态聚类法）
3）模糊聚类、图论聚类、聚类预报等。
3.1系统聚类法
3.1.1系统聚类法的基本思想：令n个样品自成一类，计算出相似性測度，此时类间距离与样品间距离是等价的，把測度最小的两个类合并；然后依照某种聚类方法计算类间的距离，再按最小距离准则并类；这样每次降低一类，持续下去直到全部样品都归为一类为止。聚类过程可做成聚类谱系图(Hierarchical diagram)。
3.1.2步骤：
s1.构造n个类，每一个类包括且仅仅包括一个样品。
s2.计算n个样品两两间的距离，构成距离矩阵，记作D0。
s3.合并距离近期的两类为一新类。
s4.计算新类与当前各类的距离。若类的个数等于1，转到步骤(5)，否则回到步骤(3)。
s5.画聚类图。
s6.决定类的个数，及各类包括的样品数，并对类作出解释。
3.1.3 方法：
l最短距离法(single linkage)
l最长距离法(complete linkage)
l中间距离法(median method)
l可变距离法(flexible median)
l重心法(centroid)
l类平均法(average)
l可变类平均法(flexible average)
lWard最小方差法(Ward’s minimum variance)
a)Between-groups linkage 组间平均距离连接法
方法简述：合并两类的结果使全部的两两项对之间的平均距离最小。（项对的两成员分属不同类）
b)Within-groups linkage 组内平均连接法
方法简述：两类合并为一类后，合并后的类中全部项之间的平均距离最小
c)Nearest neighbor 近期邻法（最短距离法）
方法简述：首先合并近期或最相似的两项
特点：样品有链接聚合的趋势，这是其缺点，不适合一般数据的分类处理，除去特殊数据外，不提倡用这样的方法。
d)Furthest neighbor 最远邻法（最长距离法）
方法简述：用两类之间最远点的距离代表两类之间的距离，也称之为全然连接法
e)Centroid clustering 重心聚类法
方法简述：两类间的距离定义为两类重心之间的距离，对样品分类而言，每一类中心就是属于该类样品的均值
特点：该距离随聚类地进行不断缩小。该法的谱系树状图非常难跟踪，且符号改变频繁，计算较烦。
f)Ward’s method 离差平方和法
3.2高速聚类
3.2.1方法：
四、谱系分类的确定
分类准则：
A.不论什么类都必须在临近各类中是突出的，即各类重心间距离必须极大
B.确定的类中，各类所包括的元素都不要过分地多
C.分类的数目必须符合有用目的
D.若採用几种不同的聚类方法处理，则在各自的聚类图中应发现同样的类
学习小结：
聚类的关键：
1）用什么指标(变量)表达要分析的样品？
2）标准化方法
3）选择聚类方法
4）用什么统计量(距离、相似系数)描写叙述样本间的相似程度？
5）用什么方法(类间距离等)进行聚类？
6）分成几类比較合适？
，标准差为
，极差为
