tophat安装

时间：2015-03-19 23:41:31 阅读：193 评论：0 收藏：0 [点我收藏+]

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1 ? ? 依赖软件：bowtie，bowtie2，samtools，boost c++ library

2 ? ? 建立索引文件：

? ? ?bowtie包括bowtie，bowtie-build，bowtie-inspect

? ? ?bowtie2包括bowtie2，bowtie2-build，bowtie2-inspect，默认会找bowtie2

? ? ?bowtie-build运行结果会得到一些.ebwt的文件

? ? ?bowtie2-build建index，运行结果得到一些.bt2文件：

? ? ?bowtie2-build genome.fasta genome

3 ? ? santools依赖库：ZLIB_1.2.3.3，需要更新libz.so.1版本，zlib-1.2.3 版本不够高，需要安装1.2.8版本zlib，安装路径：/data_center_01/soft/zlib-1.2.8/libz.so.1，添加到bashrc的LD_LIBRARY_PATH中

4 ? ? boost c++ library：CPLUS_INCLUDE_PATH=$CPLUS_INCLUDE_PATH:/data_center_01/home/NEOLINE/lihang/Programe/Package/boost_1_55_0/include/

4 ? tophat下载：官网：http://ccb.jhu.edu/software/tophat/index.shtml

? ? ?最新版本（20150311）：http://ccb.jhu.edu/software/tophat/downloads/tophat-2.0.13.Linux_x86_64.tar.gz

tophat使用参考经典protocol文章：Differential gene and transcript expression analysis of RNA-seq experiments with TopHat and Cufflinks?

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原文地址：http://www.cnblogs.com/lyon2014/p/4351879.html

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