187. Repeated DNA Sequences

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All DNA is composed of a series of nucleotides abbreviated as A, C, G, and T, for example: "ACGAATTCCG". When studying DNA, it is sometimes useful to identify repeated sequences within the DNA.

Write a function to find all the 10-letter-long sequences (substrings) that occur more than once in a DNA molecule.

For example,

Given s = "AAAAACCCCCAAAAACCCCCCAAAAAGGGTTT",

Return:
["AAAAACCCCC", "CCCCCAAAAA"].


滑动窗口，每次向后移动一个字符，因为直接存string会超出内存限制，所以转换为int
A -> 0
B -> 1
C -> 2
D -> 3
时间复杂度O(n),空间复杂度O(4^10)

public class Solution {
　　public List<String> findRepeatedDnaSequences(String s) {
　　　　Map<Integer, Integer> map = new HashMap<>();
　　　　List<String> result = new ArrayList<>();
　　　　for (int i = 0; i < s.length() - 9; i++) {
　　　　　　int subStr = convertToInt(s, i, i + 10);
　　　　　　if (map.containsKey(subStr)) {
　　　　　　　　if (map.get(subStr) == 1) {
　　　　　　　　　　result.add(s.substring(i, i + 10));
　　　　　　　　　　map.put(subStr, map.get(subStr) + 1);
　　　　　　　　}
　　　　　　} else {
　　　　　　　　map.put(subStr, 1);
　　　　　　}
　　　　}
　　　　return result;
　　}

　　private int convertToInt(String s, int start, int end) {
　　　　int res = 0;
　　　　while (start < end) {
　　　　　　char c = s.charAt(start);
　　　　　　int v = 0;
　　　　　　switch(c) {
　　　　　　　　case ‘A‘: v = 0; break;
　　　　　　　　case ‘C‘: v = 1; break;
　　　　　　　　case ‘G‘: v = 2; break;
　　　　　　　　case ‘T‘: v = 3; break;
　　　　　　}
　　　　　　res = res << 2 | v;
　　　　　　start++;
　　　　}
　　　　return res;
　　}
}

187. Repeated DNA Sequences

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原文地址：http://www.cnblogs.com/shini/p/4409175.html