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用比对软件，如bwa, bowtie, 进行比对后产生的结果，一般为sam 或 bam 格式。bam是sam的二进制文件。下面用实例介绍一下sam文件格式：
sam 分为header section （@开头）和 alignment section（一般分为11列）, 下图为一个sam文件的前半部分：
header 部分以@开头，格式为‘TAG:VALUE’, TAG是两个字符：
@HD The header line. The first line if present
VN Format version
SO Sorting order of alignments.如unknown， unsorted, queryname, coordinate
@SQ Reference sequence dictionary.
SN Reference sequence name
LN Reference sequence length
@RG read group
ID Read group identifier, each @RG line must have a unique ID.
LB library
PL Platform/technology used to produce the reads
PU platform unit
SM sample
@PG Program
ID Program record indetifier
PN program name
VN program version
关于read group 的解释请参考我写的博文
下面介绍alignment section.
上图只展示了六列，我们先解释前六列：
1, QNAME Query template NAME, 就是read的名字
2，FLAG bitwise flag #稍微有点复杂，一共有12个bit, 分别代表不同的含义，如果这个alignment 满足其中几个，就将这几个相加得到该值。详细见官方文档。
3，RNAME 参考序列的名字。
4，POS 比对到的最左端的位置
5，MAPQ 比对的质量得分
6，CIGAR 将比对的结果用CIGAR表示，如M 表示match， I 表示对于ref 来说的 insertion， D 表示deletion。
下图显示的是第7，8，9，10列
7， RNEXT Ref. name of the mate/next read.
8, PNEXT Position of the mate/next read
9, TLEN observed Template length.
10， SEQ 就是你的read碱基。
下图是11， 12 ， 13列。
11，QUAL 是你碱基的质量。每个字符代表一个得分。
11列之后是optional fields, 我们在这里不做介绍。
其实我不太明白那个TLEN的含义。
by freemao
FAFU.
free_mao@qq.com
SAM （Sequence Aliginment/Map Format ）,布布扣,bubuko.com
SAM （Sequence Aliginment/Map Format ）
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原文地址：http://www.cnblogs.com/freemao/p/3779720.html
