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一、大部分的基因都有beta-action基因和GAPDH基因，很多Affymetrix芯片都将它们设为一组观察RNA降解程度的内参基因。mRNA是按照5’至3’的顺序来降解的，通过比较它们3’相对于中间或者3’相对于5’的信号强度，可以很好地指示出试验质量。
二、beta-action基因对应的探针组：
AFFX-HSAC07/X00351_3_at
AFFX-HSAC07/X00351_5_at
AFFX-HSAC07/X00351_M_at
GAPDH基因对应的探针组：
AFFX-HUMGAPDH/M33197_3_at
AFFX-HUMGAPDH/M33197_5_at
AFFX-HUMGAPDH/M33197_M_at
三、以样品GSM362947_LTT.CEL和GSM362948_LTT.CEL为例：
library(yaqcaffy)
rawData<-ReadAffy("GSM362947_LTT.CEL","GSM362948_LTT.CEL")
qcResult<-qc(rawData)
> qcProbes(qcResult)
AFFX-HSAC07/X00351_3_at AFFX-HSAC07/X00351_5_at
GSM362947_LTT.CEL 11.71851 10.79642
GSM362948_LTT.CEL 11.78234 10.14348
AFFX-HSAC07/X00351_M_at AFFX-HUMGAPDH/M33197_3_at
GSM362947_LTT.CEL 11.15068 11.58672
GSM362948_LTT.CEL 10.91070 11.74464
AFFX-HUMGAPDH/M33197_5_at AFFX-HUMGAPDH/M33197_M_at
GSM362947_LTT.CEL 11.27360 11.32698
GSM362948_LTT.CEL 11.26303 11.61652
> ratios(qcResult)
actin3/actin5 actin3/actinM gapdh3/gapdh5 gapdh3/gapdhM
GSM362947_LTT.CEL 0.9220925 0.5678285 0.3131202 0.2597466
GSM362948_LTT.CEL 1.6388639 0.8716467 0.4816172 0.1281214
这些探针组的表达值是用JustMAS算法得到的。观察以上数值可以得出这样的结论：
actin3/actin5的值等于AFFX-HSAC07/X00351_3_at的表达值减去AFFX-HSAC07/X00351_5_at的表达值；actin3/actinM的值等于AFFX-HSAC07/X00351_3_at的表达值减去AFFX-HSAC07/X00351_M_at的表达值……
事实上，比值=log2(a)/log2(b)=log2(a-b)，但是这些探针组表达值已经取了2的对数，所以两数相减就是结果了
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原文地址：http://www.cnblogs.com/xianwen/p/4522294.html
