本地blast的安装

标签：get   使用   文件   数据   linux   数据库   

1 下载程序

在ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/下载 ncbi-blast-2.2.25+-x64-linux.tar.gz

2 解压 如解压到用户的主目录(/home/***)下，把解压后的文件夹重新命名为blast，则BLAST+的所有程序在目录/home/***/blast/bin下。

3 添加环境变量 打开终端（Terminal），切换为root用户，执行vim /etc/profile 在最末尾添加export PATH=”/home/***/blast/bin:$PATH”，保存退出。

或直接找到/etc/profile这个文件，在最末尾添加export PATH=”/home/***/blast/bin:$PATH” 此处若成功，则执行blastn -version会出现版本信息。

4 新建 在目录/home/***/blast下新建一个文件夹，命名为db 在/home/***下新建一个文件，命名为.ncbirc 在文件中添加内容 [BLAST] BLASTDB=/home/***/blast/db

5 下载FASTA格式的数据库 ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/FASTA/如下载nr.gz

6 建立BLAST+可用的数据库 打开终端（Terminal），切换到/home/***/blast/db目录下，执行：

a. 进行核酸序列库的构建

makeblastdb –in seq.fasta(核酸) -parse_seqids -dbtype nucl

b. 进行蛋白序列库的构建

makeblastdb –in seq.fasta(蛋白) -parse_seqids -dbtype prot

7 使用程序

a. 进行核酸序列比对：

blastn -db nt -query target.fasta -out results.out

b.进行蛋白序列比对：

blastp -db nt -query target.fasta -out results.out

本地blast的安装,布布扣,bubuko.com

本地blast的安装

标签：get   使用   文件   数据   linux   数据库   

原文地址：http://www.cnblogs.com/yanzhi123/p/3798989.html