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标准蛋白氨基酸列表

时间:2015-08-09 10:45:20      阅读:1299      评论:0      收藏:0      [点我收藏+]

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标准氨基酸(英语:Standard amino acids)或称蛋白氨基酸proteinogenic amino acids),是生物细胞中用来合成蛋白质的共20种氨基酸。本列表主要描述其名称、标示方法、结构与性质。还包括次要编码氨基酸,硒半胱氨酸吡咯赖氨酸,分别用通常的终止密码子UGA和UAG编码,出现在少数蛋白质中。参见第21和第22种氨基酸

 

 

 

名称与符号

下表中显示各中文名称与英文名称、三字母符号与单字母符号。(*为次要编码氨基酸)

中文名称英文名称短写缩写
丙氨酸 Alanine A Ala
苯丙氨酸 Phenylalanine F Phe
半胱氨酸 Cysteine C Cys
硒半胱氨酸* Selenocysteine U Sec
天冬氨酸 Aspartic acid / Aspartate D Asp
天冬酰胺 Asparagine N Asn
谷氨酸 Glutamic acid / Glutamate E Glu
谷氨酰胺 Glutamine Q Gln
甘氨酸 Glycine G Gly
组氨酸 Histidine H His
亮氨酸 Leucine L Leu
异亮氨酸 Isoleucine I Ile
赖氨酸 Lysine K Lys
吡咯赖氨酸* Pyrrolysine O Pyl
蛋氨酸 Methionine M Met
脯氨酸 Proline P Pro
精氨酸 Arginine R Arg
丝氨酸 Serine S Ser
苏氨酸 Threonine T Thr
缬氨酸 Valine V Val
色氨酸 Tryptophan W Trp
酪氨酸 Tyrosine Y Tyr


除此之外,还有一些三字母或单字母符号可用来表示未明确定义的缩写:

  • Asx、B可代表天冬氨酸(Asp、D)或天冬酰胺(Asn、N)。
  • Glx、Z可代表谷氨酸(Glu、E)或谷氨酰胺(Gln、Q)。
  • Xle、J可代表亮氨酸(Leu、L)或异亮氨酸(Ile、I)。
  • Xaa(亦用Unk)、X可代表任意氨基酸或未知氨基酸。

结构

以下是标准遗传密码所用来直接合成蛋白质的20种氨基酸的结构及表示符号。

主要化学性质

以下的分子量是根据各元素的同位素在自然界的丰度所做的平均值。此外由于形成肽键时,会减少一个水分子,因此蛋白质中单一氨基酸的分子量,比下表数值少了18.01524 Da。

氨基酸分子量(DapIpK1(α-COOH)pK2(α-+NH3
丙氨酸 89.09404 6.01 2.35 9.87
半胱氨酸 121.15404 5.05 1.92 10.70
硒半胱氨酸 169.06      
天冬氨酸 133.10384 2.85 1.99 9.90
谷氨酸 147.13074 3.15 2.10 9.47
苯丙氨酸 165.19184 5.49 2.20 9.31
甘氨酸 75.06714 6.06 2.35 9.78
组氨酸 155.15634 7.60 1.80 9.33
异亮氨酸 131.17464 6.05 2.32 9.76
赖氨酸 146.18934 9.60 2.16 9.06
吡咯赖氨酸 255.31      
亮氨酸 131.17464 6.01 2.33 9.74
蛋氨酸 149.20784 5.74 2.13 9.28
天冬酰胺 132.11904 5.41 2.14 8.72
脯氨酸 115.13194 6.30 1.95 10.64
谷氨酰胺 146.14594 5.65 2.17 9.13
精氨酸 174.20274 10.76 1.82 8.99
丝氨酸 105.09344 5.68 2.19 9.21
苏氨酸 119.12034 5.60 2.09 9.10
缬氨酸 117.14784 6.00 2.39 9.74
色氨酸 204.22844 5.89 2.46 9.41
酪氨酸 181.19124 5.64 2.20 9.21

支链性质

以下列表中的pKa值,可能与这些氨基酸在蛋白质内部时有所不同。

氨基酸支链疏水性pKa极性电荷芳香族
脂肪族
范德瓦尔斯半径
丙氨酸 -CH3 X - - - - 67
半胱氨酸 -CH2SH X 8.18 - 酸性 - 86
硒半胱氨酸 -CH2SeH X 5.73 - - -  
天冬氨酸 -CH2COOH - 3.90 X 酸性 - 91
谷氨酸 -CH2CH2COOH - 4.07 X 酸性 - 109
苯丙氨酸 -CH2C6H5 X - - - 芳香性 135
甘氨酸 -H - - - - - 48
组氨酸 -CH2-C3H3N2 - 6.04 X 弱碱性 芳香性 118
异亮氨酸 -CH(CH3)CH2CH3 X - - - 脂肪性 124
赖氨酸 -(CH2)4NH2 - 10.54 X 碱性 - 135
吡咯赖氨酸 -C12H21N3O3            
亮氨酸 -CH2CH(CH3)2 X - - - 脂肪性 124
蛋氨酸 -CH2CH2SCH3 X - - - - 124
天冬酰胺 -CH2CONH2 - - X - - 96
脯氨酸 -CH2CH2CH2- X - - - - 90
谷氨酰胺 -CH2CH2CONH2 - - X - - 114
精氨酸 -(CH2)3NH-C(NH)NH2 - 12.48 X 碱性 - 148
丝氨酸 -CH2OH - - X - - 73
苏氨酸 -CH(OH)CH3 - - X 弱酸性 - 93
缬氨酸 -CH(CH3)2 X - - - 脂肪性 105
色氨酸 -CH2-C8H6N X - - - 芳香性 163
酪氨酸 -CH2-C6H4OH X 10.46 X - 芳香性 141

基因表达与生物化学

氨基酸短写缩写密码子在蛋白质中
出现频率(%)
对人类的必需性
离氨酸 K Lys AAA, AAG 5.9 X
天冬酰胺 N Asn AAU, AAC 4.3 -
苏氨酸 T Thr ACU, ACC, ACA, ACG 5.9 X
甲硫氨酸 M Met AUG 2.3 X
异亮氨酸 I Ile AUU, AUC, AUA 5.3 X
谷氨酰胺 Q Gln CAA, CAG 4.2 -
组氨酸 H His CAU, CAC 2.3 -
脯氨酸 P Pro CCU, CCC, CCA, CCG 5.2 -
精氨酸 R Arg CGU, CGC, CGA, CGG, AGA, AGG 5.1 -
谷氨酸 E Glu GAA, GAG 6.3 -
天冬氨酸 D Asp GAU, GAC 5.3 -
丙氨酸 A Ala GCU, GCC, GCA, GCG 7.8 -
甘氨酸 G Gly GGU, GGC, GGA, GGG 7.2 -
缬氨酸 V Val GUU, GUC, GUA, GUG 6.6 X
终止编码 - Term UAA, UAG, UGA - -
吡咯赖氨酸 O Pyl UAG    
酪氨酸 Y Tyr UAU, UAC 3.2 -
丝氨酸 S Ser UCU, UCC, UCA, UCG, AGU, AGC 6.8 -
硒半胱氨酸 U Sec UGA   -
色氨酸 W Trp UGG 1.4 X
半胱氨酸 C Cys UGU, UGC 1.9 -
亮氨酸 L Leu UUA, UUG, CUU, CUC, CUA, CUG 9.1 X
苯丙氨酸 F Phe UUU, UUC 3.9 X

参考文献

    • Nelson, David L.; Cox, Michael M. Lehninger Principles of Biochemistry 3rd ed. Worth Publishers. 2000. ISBN 1-57259-153-6.
    • Kyte, J.; Doolittle, R. F. A simple method for displaying the hydropathic character of a protein. J. Mol. Biol. 1982, 157 (1): 105–132. PMID 7108955.

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原文地址:http://www.cnblogs.com/biopy/p/4714662.html

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