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核碱基（英语：Nucleobase）是指一类含氮碱基（nitrogenous base），在生物学上通常简单地称之碱基（base）。是在DNA和RNA中，起配对作用的部分。核碱基都是杂环化合物，其氮原子位于环上或取代氨基上，其中一部分（取代氨基，以及嘌呤环的1位氮、嘧啶环的3位氮）直接参与碱基配对。
常见的核碱基共有5种：胞嘧啶（缩写C）、鸟嘌呤（G）、腺嘌呤（A）、胸腺嘧啶（T，通常为DNA专有）和尿嘧啶（U，通常为RNA专有）。腺嘌呤和鸟嘌呤属于嘌呤族（缩写作R），它们具有双环结构。胞嘧啶、尿嘧啶、胸腺嘧啶属于嘧啶族（Y），它们的环系是一个六元杂环。RNA中，尿嘧啶取代了胸腺嘧啶的位置。胸腺嘧啶比尿嘧啶多一个5位甲基，这个甲基增大了遗传的准确性。
核碱基通过糖苷键与核糖或脱氧核糖的1位碳原子相连而形成的化合物叫核苷。核苷再与磷酸结合就形成核苷酸，磷酸基接在五碳糖的5位碳原子上。
| 核碱基 |  腺嘌呤 |
 鸟嘌呤 |
 胸腺嘧啶 |
 胞嘧啶 |
 尿嘧啶 |
| 核苷 |
 腺苷 A |
 鸟苷 G |
 胸苷 T |
 胞苷 C |
 尿苷 U |
| 符号 | 代替碱基 |
|---|---|
| R | A/G |
| Y | C/T |
| M | A/C |
| K | G/T |
| S | G/C |
| W | A/T |
| H | A/T/C |
| B | G/T/C |
| V | G/A/C |
| D | G/A/T |
| N | A/G/C/T |
| 核碱基 |  次黄嘌呤 |
 黄嘌呤 |
 7-甲基鸟嘌呤 |
 5,6-二氢尿嘧啶 |
| 核苷 |
 次黄苷 I |
 黄苷 X |
 7-甲基鸟苷 m7G |
 二氢尿苷 D |
近几年有人将表观遗传学修饰的5-甲基胞嘧啶（5mC）称为第5种碱基，5-羟甲基胞嘧啶（5hmC）称为第6种碱基。2011年研究人员发现了第7种DNA碱基5-甲酰基胞嘧啶（5fC），和第8种5-羧基胞嘧啶（5caC）。这几种碱基实际上都是由胞嘧啶经由Tet蛋白修饰后形成。人类和小鼠干细胞都拥有Tet蛋白，Tet蛋白是重新编程已经分化的细胞的一种重要功能蛋白[1]。
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原文地址：http://www.cnblogs.com/biopy/p/4720215.html
