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2021-07-01 16:49:14
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2021-07-01 16:48:27
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单细胞转录组 从研究方向看上，发育生物学、免疫、神经生物学、肿瘤是排名靠前的方向，这和我们平时遇到的高频研究方向基本吻合。另外，作为一个新兴的领域，10X 单细胞转录组检测到细胞多，数据庞大，信息复杂，对数据分析带来诸多困难，因此算法类的文章（Computational method）也高达76篇。 ...
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2021-07-01 16:24:49
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为了减少由于扩增引起的误差，人们在一些单细胞测序的步骤中增加了 UMI（unique molecular identifiers），UMIs 是由 4-10 个随机核苷酸组成的序列，在 mRNA 反转录后，进入到文库中，每一个 mRNA，随机连上一个 UMI，因此可以计数不同的 UMI，最终计数 m ...
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2021-06-28 18:14:29
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单细胞测序之质控分析（QC）为什么要做质控？在细胞分离过程中的细胞损伤或者文库制备的失败（无效的逆转录或者PCR扩增失败），往往会引入一些低质量的数据。这些低质量的数据的主要特点是：细胞整体上的counts值少（列），每列是一个细胞，细胞上的counts值少基因的低表达（行），每行是一个gene线粒 ...
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2021-06-28 17:47:17
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关于什么是“拟时序分析”，可以参考本期推送的另一篇推文。这一篇直接演示代码 monocle2这个软件用得太多了，很多文章都是monocle2的图。因为只使用表达矩阵作为输入，相比于其他软件，已经很方便了。不过话说回来，我总感觉这种轨迹推断像玄学，大半的结果是调整出来的/事先已知的，比如拟时序里面的起 ...
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2021-06-07 20:19:43
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获取单细胞测试数据 # devtools::install_github("satijalab/seurat-data") library(SeuratData) # AvailableData() # InstallData("pbmc3k.SeuratData") data(pbmc3k) ex ...
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2021-05-24 05:21:59
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生命科学的研究范围十分广泛，通常包括生物学和药物学 ，以生物学来说，研究人员为了理解生物细胞中发生的各种生物化学过程，研究者需要详细地了解生物大分子，如蛋白质、核酸等，在多个时间和空间尺度下的结构、动力学和功能等，以及这些生物分子之间动态相互作用的具体细节。实验可以得到生物分子的静态结构，提供生物分 ...
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2021-05-24 00:52:15
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经典的生物研究技术侧重于分子和细胞集群的研究——即研究含有大量相同形态或功能的分子或细胞的活动。但是，这种方法会忽略集群中的单个分子或子群的特异性。事实上在细胞周期的不同阶段或在不同的环境中，单个分子或细胞的活动很可能与集群表现出的整体活动不同。要对单个分子或亚群的活动进行观察，必须严格控制实验条件 ...
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2021-05-24 00:30:42
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DNA-蚕丝（脱氧核糖核酸Deoxyribonucleic acid）双螺旋→组成染色体 AGTC RNA-丝线(核糖核酸（Ribonucleic Acid）) AGCU 引导蛋白质合成 染色体-x形毛线玩具（inside the 细胞核-my玩具仓库 信息的海洋啊hhhhh） 基因-~~~~~~~ ...
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2021-04-21 12:20:50
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