1 -- 结构体数据成员对齐的意义
许多实际的计算机系统对基本类型数据在内存中存放的位置有限制，它们会要求这些数据的起始地址的值是某个数k的倍数，这就是所谓的内存对齐，而这个k则被称为该数据类型的对齐模数(alignment modulus)。这种强制的要求一来简化了处理器与内存之间传输系统的设计，二来可以提升读取数据的速度。比如这么一种处理器，它每次读写内存的时候都从某个8倍数的地址开...
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2014-06-11 00:41:01
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用比对软件，如bwa, bowtie, 进行比对后产生的结果，一般为sam 或 bam
格式。bam是sam的二进制文件。下面用实例介绍一下sam文件格式：sam 分为headersection （@开头）和 alignment
section（一般分为11列）, 下图为一个sam文件的前半部分：h...
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2014-06-10 16:44:04
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a1,a2,a3,a4,a5,a6...an
对ai求出a1到ai的lis，ai+1到an的lds
取所有ai对应的lis+lds最大值
输出n-lis-lds
#include
#include
#include
#include
#include
#include
using namespace std;
int n;
double num[1111];
double up...
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2014-06-09 23:29:00
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题目描述
脱氧核糖核酸即常说的DNA，是一类带有遗传信息的生物大分子。它由4种主要的脱氧核苷酸(dAMP、dGMP、dCMT和dTMP)通过磷酸二酯键连接而成。这4种核苷酸可以分别记为：A、G、C、T。
DNA携带的遗传信息可以用形如：AGGTCGACTCCA.... 的串来表示。DNA在转录复制的过程中可能会发生随机的偏差，这才最终造就了生物的多样性。
为了简化...
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2014-06-05 07:17:23
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1， 如果是DNA数据， 那就是选择标准的参考基因组。2， 如果是RNA-seq数据，
能否用参考基因组的cDNA 数据呢？ 答案是否定的，因为存在着选择性剪切，所以，一个基因可能对应着多个mRNA, 那么你进行比对的时候很容易出现一个read
比对到多个地方， 这种情况可能会导致比对结果出现误差。...
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2014-06-02 09:28:28
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目标：1. 使用ZoomManager来执行图形的缩放2.
对图形进行对齐（Alignment）操作3. 图形修改后进行dirty
check（提示保存文档）图形缩放：提供缩放能力的方法就是设置根图形的RootEditPart为ScalableRootEditPart。一般在Editor的confi...
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2014-05-27 17:20:25
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过了快半年了，终于下决心将自己挖的关于AAM的坑给填平了。
今天的内容主要关于有遮挡情况下的AAM alignment算法。当数据存在少量重大误差时，最小二乘法往往不能很好地保持匹配鲁棒性，这时就需要使用其他方法来解决这个问题。...
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2014-05-25 18:39:58
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首先，为什么要指针对齐(Pointer Alignment)？
指针对齐有时候非常重要，因为许多硬件相关的东西在对齐上存在限制。在有些系统中，某种数据类型只能存储在偶数边界的地址处。
例如，在经典的 SPARC架构(以及经典的ARM)上，你不能从奇数地址读取一个超过1字节的整型数据。尝试这么做将会立即终止程序，并伴随着总线错误。而在X86架构上，CPU硬件处理了这个问题，只是这么做将会花费更多...
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2014-05-25 18:12:37
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本题大概题意：
给出一个数组DNA，包含10个数值，如：DNA[10] = {0,1,2,3,,1,2,3,0,1,2}所有数值应该不大于3.
给出一行40个字符的字符串： 空格代表0， '.'代表1，'x'代表2，'W'代表3。 相邻三个数值（或两个数值）相加得到的数作为DNA的下标，然后取DNA数组改下标的数值为新的值。产生新的字符串。
好难说清楚，看原文吧，的确是很难理解的题目：
h...
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2014-05-18 03:14:55
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为了解决DNA序列的拼接以及检错，特写一下算法
package my.dna;
/**
*
* @author mabixiang
*
*/
public class Util2 {
public static void main(String[] args) {
String a = "lkjhgfasd";
String b = "sd5sflk";
resemb...
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2014-05-15 13:28:54
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