一组探针是否能被检测到，可以用检测值来表示。simpleaffy包的detection.p.val方法默认alpha1=0.05，alpha2=0.065。检测值小于alpha1为A（无，Absent），介于alpha1和alpha2之间为M（不确定，MarginalPresent），大于alp.....
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2015-05-22 16:30:26
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RMA算法分三步：一、背景校正（没精力写了）二、归一化（没精力写了）三、计算表达值假设有5张芯片，这些芯片的某个探针组包含5个探针，它们的表达值如下： GeneChip 4 8 6 9 7 3 1 2 4 5Probe 6 10 7 12...
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2015-05-22 16:29:44
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为了简化问题，假设有3张芯片，每组数有9个探针：Data：2,4,6,7,9,10,4,7,8,39,5,3,2,5,7,9,10,3,126,4,3,2,7,8,1,2,6,9一、给3组数取2的对数Log2Data：1.0,2.0,2.5849626,2.807355,3.169925,3.321...
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2015-05-22 16:29:15
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一、大部分的基因都有beta-action基因和GAPDH基因，很多Affymetrix芯片都将它们设为一组观察RNA降解程度的内参基因。mRNA是按照5’至3’的顺序来降解的，通过比较它们3’相对于中间或者3’相对于5’的信号强度，可以很好地指示出试验质量。二、beta-action基因对应的探针...
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2015-05-22 15:11:03
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DAT是芯片的原始扫描图像，如下图：注：这两张图来自《BayesianInferenceforGeneExpressionandProteomics》。A是U95Av2芯片的DAT图像，它包含640*640个特征。B放大了A的左上角，可以看到“GeneChipHGU95A”字样。上图中探针强度越.....
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2015-05-22 15:08:10
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R语言里的image方法可以绘制CEL文件的灰度图像。我们先来讨论image这个的函数：如：x0则R=255，这样就不会超出范围了。这样每个探针都有着对应的灰度了。以左上角为坐标（0,0），给每个探针绘制一个像素，得出了以下这张图：这张图的质量高很多。放大这张图的左上角：“GeneChipHG-.....
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2015-05-22 15:01:19
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为了验证杂交的质量，Affymetrix公司加入了两类嵌入探针组：一、poly-A内参：包括lys、phe、thr、dap对应的探针组名称为：AFFX-r2-Bs-lys-3_at、AFFX-r2-Bs-dap-3_at、AFFX-r2-Bs-phe-3_at、AFFX-r2-Bs-thr-3_s_...
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2015-05-22 14:58:11
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有了探针排布图像的基础，我们就可以更好地理解CDF文件了。假如每个探针的位置用一个坐标表示，以左上角为（0，0），那么整张芯片的坐标就如下图（行数n必须等于列数m，这里共有n*m个探针）：0,01,02,03,0…m,00,10,20,3…0，n那么这些探针怎么根据坐标对应到探针组呢？我们来看C.....
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2015-05-22 14:56:25
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R语言软件arrayanalysis（http://arrayanalysis.org/）提供了绘制探针排布图像的方法，读者可通过该图像更好地理解芯片的设计。图中的黑/灰色代表普通探针的PM、MM探针，深蓝/浅蓝色代表控制探针的PM、MM探针，红色代表无定义的探针（非PM，非MM）。不过用Jav.....
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2015-05-22 14:55:00
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基因芯片主要分为双通道cDNA芯片和高密度寡核苷酸芯片。双通道cDNA芯片：每个微阵列产生两个探针水平的数据集（红色通道和绿色通道）。高密度寡核苷酸芯片：每个微阵列产生一个探针水平的数据集。一些探针是匹配探针（Perfectmatch，PM），一些探针是错配探针（Mismatch，MM。不过有些芯片...
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2015-05-22 14:45:37
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