1.bowtie 短序列比对工具，blast也是短序列比对工具，速度快，结果易理解。 输入可以是fastq或者fasta文件。 生成比对结果文件sam格式的吧。 2.bwa 转自:https://www.jianshu.com/p/1552cc6ac3be 将DNA序列比对到参考基因组上的软件，包含 ...
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2018-10-27 00:06:21
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1）blast产生背景 双序列比对可以采用是基于动态规划算法的Needleman-Wunsch（NW）和Smith-Waterman algorithm（SW）算法，虽然精度高，但计算消耗大。当与数据库比对的时候，该算法就显得不切实际。因此TASTA，blast采用启发式算法使得通过大幅度丢失灵敏度 ...
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2018-08-21 12:16:01
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详细可参考https://www.jianshu.com/p/2f125cdf8262；https://blog.csdn.net/qq_34296043/article/details/54427786两篇文章 1）下载网址：ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/exe ...
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2018-06-29 20:40:07
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一、nt和nr数据库 nt库和nr库大家都比较熟悉，一个核酸库，一个蛋白库，两者既可以通过NCBI进行在线BLAST,也可以在ftp://ftp.ncbi.nih.gov/blast/db地址中将如下文件下载后，进行 本地BLAST。在此还是简单说明一下在线比对方法： 打开https://blast ...
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2018-04-08 00:29:04
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1 安装软件 分为： ①基于linux操作系统②基于os操作系统③基于windows操作系统 这里主要介绍基于windows的操作的blast安装 1.1 下载地址：ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/ 1.2 安装流 ...
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2018-03-01 00:37:43
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文章转自： wind_blast LDA(Latent dirichlet allocation)[1]是有Blei于2003年提出的三层贝叶斯主题模型，通过无监督的学习方法发现文本中隐含的主题信息，目的是要以无指导学习的方法从文本中发现隐含的语义维度-即“Topic”或者“Concept”。隐性语 ...
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2017-10-08 16:13:02
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转载：http://www.bio1000.com/experiment/fenzi/237846.html 标签： NCBI Blast LASTP 摘要 : NCBI BLAST比对结果报告分析:BLAST是NCBI开发的一款序列相似搜索程，常用在线的BLAST比对工具进行序列比对分析和引物设计 ...
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2017-09-12 12:07:02
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用bioperl 解析blast的默认输出结果， 整理成-m8格式的输出 ...
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2017-08-08 15:23:46
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以后打算工作中用到的相关BLAST操作全部用BLAST+来完成 与以前的Blast相以，我们还是从格式化数据库到比对开始 一般我们是有一个fasta文件用来格式化数据库，以前的命令是formatdb，现在是makeblastdb 一般用到的格式如下： makeblastdb -in input_fi ...
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2017-08-06 17:05:07
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http://angus.readthedocs.io/en/2014/running-command-line-blast.html Running command-line BLAST The goal of this tutorial is to run you through a demon ...
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2017-07-11 19:29:56
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