隐马尔可夫模型(Hidden Markov Model，HMM) 最初由 L. E. Baum 和其它一些学者发表在一系列的统计学论文中，随后在语言识别，自然语言处理以及生物信息等领域体现了很大的价值。平时，经常能接触到涉及HMM的相关文章，一直没有仔细研究过，都是蜻蜓点水，因此，想花一点时间梳理下...
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2015-10-16 13:28:27
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分子生物学主题词生物技术细胞生物学发育生物学遗传学生物信息学基因工程(en)转基因生物(en)干细胞疫苗细胞周期(en)细胞信号传导(en)细胞细胞骨架细胞器细胞膜生物学(en)信号传导老年胚胎学形态发生素(en)原肠胚形成(en)神经胚形成生长因子畸形成原(en)应用遗传学(en)染色体DNA遗传...
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2015-08-17 10:01:58
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1、背景 1993年，Agrawal提出了关联规则(Association Rule)问题，旨在发现顾客购货篮内商品间令人感兴趣的关系。 “啤酒和尿布” 沃尔玛利用NCR数据挖掘工具意外的发现：跟尿布一起购买最多的商品竟是啤酒！ 今天，关联规则已广泛应用于金融、营销以及生物信息学等领域。2...
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2015-05-27 13:40:34
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生物信息学的研究重点主要体现在基因组学（genomics）和蛋白质组学（proteomics）两个方面，intron 内含子，exon外显子1.DNA的双螺旋结构双螺旋结构是基于对碱基配对规律的认识：氢键结合只发生于互补的碱基A与T、G与C之间。双螺旋分子两条链的严格互补性，是指一条链的核苷酸顺序，无例外地取决于另一条链。每一条DNA链都能作为模板，以合成一条准确地限定核苷酸顺序的新链，也是根据碱基...
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2015-05-18 11:02:26
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preface：最近《生物信息学》多次谈到AUC，ROC这两个指标，正在做的project，要求画ROC曲线，sklearn里面有相应的函数，故学习学习。
AUC:
ROC:
具体使用参考sklearn:
http://scikit-learn.org/stable/modules/generated/sklearn.metrics.roc_curve.html
http://sciki...
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2015-04-17 18:21:40
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preface:明明在弄着NLP，突然看到python运维的书，随便翻翻，看到有用的包difflib，先记录下来。生物信息学关于不同蛋白质之间的结构对比的时候可能有用。difflib：实现两个字符串的差异对比，然后以版本控制风格进行输出。说是设计文件和目录差异对比、HTTP质量监控、邮件警告可以用得...
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2015-03-13 22:18:02
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Preface:CSDN博客突然打不开了，转到博客园来好了。最近在上生物信息学，查找工具的时候看到python的一个包ProDy，记录下来。prody包官网介绍：http://prody.csb.pitt.edu/ProDyProjectProDyis a free and open-source ...
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2015-03-13 18:33:14
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隐马尔可夫模型(Hidden Markov Model，HMM) 最初由 L. E. Baum 和其它一些学者发表在一系列的统计学论文中，随后在语言识别，自然语言处理以及生物信息等领域体现了很大的价值。平时，经常能接触到涉及HMM的相关文章，一直没有仔细研究过，都是蜻蜓点水，因此，想花一点时间梳理下...
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2015-02-07 17:12:13
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INTRODUCTION TO BIOINFORMATICS 这套教程源自Youtube,算得上比较完整的生物信息学领域的视频教程,授课内容完整清晰,专题化的讲座形式,细节讲解比国内的京师大学堂的Mooc教程好过10000倍.下面是视频的快速链接还有文档讲义哦,很好的东东,链接分享给国内的朋友们.=...
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2015-01-30 20:52:47
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博客：葡萄皮的个人博客--卢宏超（作者）http://blog.sciencenet.cn/home.php?mod=space&uid=565112&do=blog&view=me&from=space&page=3在网上见到有一本书叫Python for Bioinfomatics, 作者是SE...
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2015-01-29 14:15:22
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