使用humann2: 参考晨宇大大的学习文档 HUMAnN2是描述微生物代谢通路的。使用宏基因组或宏转录组的序列信息。 http://huttenhower.sph.harvard.edu/humann2 安装的顺序是：Bowtie2 > Metaphlan2 > HUMAnN2 （个人建议安装an ...
分类：
其他好文 时间：
2016-12-08 09:59:21
阅读次数：
866
本次的任务是对三组儿童的肠道宏基因组测序序列进行数据挖掘。我负责的是2-3 years old，control，十个双端测序数据。 *****************************************我是分割线***********今天没有心情卖萌******************* ...
分类：
其他好文 时间：
2016-12-06 13:30:31
阅读次数：
394
用过的比对软件不多，只知道简单的全局比对和局部比对算法，比对软件的原理基本是不知道的。 现在用过的比对软件： bwa bowtie blasr blast blat 慢慢积累，比较这些软件的不同，因为生物信息最底层的就是比对，测序拿到一堆序列，第一件要做得事情就是比对。 先看一篇好文：Aligner... ...
分类：
其他好文 时间：
2016-11-25 11:36:31
阅读次数：
575
大学里我的数学还不错，三门的成绩都在90分以上，但大学之后我就再也没有碰过数学了，硕士期间也特别讨厌数理统计和SAS，因为老师讲得太枯燥了，我心底也觉得数学很无用，所以以前学的那些东西也基本就封存在记忆里了。 现在搞生物信息算法和软件的开发，对数学的感觉也慢慢回来了，看了一点《数学之美》后，逐渐开始... ...
分类：
其他好文 时间：
2016-11-17 00:42:19
阅读次数：
130
常用的比对软件列表 软件 发表年代 PMID SOAP 2008 18227114 Maq 2008 18714091 BWA 2009 19451168 Bowtie 2009 19261174 NovoAlign 2009 Subread 2013 23558742 ...
分类：
其他好文 时间：
2016-11-12 23:04:21
阅读次数：
227
主要参考http://www.3fwork.com/b211/000091MYM021616/ Step 1 : sudo gedit /etc/apt/sources.list 添加到末尾 deb http://mirrors.xmu.edu.cn/CRAN/bin/linux/ubuntu xe ...
分类：
其他好文 时间：
2016-10-30 14:01:27
阅读次数：
251
恢复内容开始 上周20161021-20161028的任务还没有搞完，所以今天来填坑（微笑脸） ××××××××××××××××××××我是萌萌哒分割线×××××××××××××××××××× ...
分类：
Web程序 时间：
2016-10-30 13:53:49
阅读次数：
2749
好吧，这是本周(2016.10.21-28)的学习任务之一：安装bowtie2并学习其使用方法&参数设置 所以，啃文档咯，官方文档Version 2.2.9 http://bowtie-bio.sourceforge.net/bowtie2/manual.shtml ...
分类：
其他好文 时间：
2016-10-23 15:02:14
阅读次数：
716
其实好多东西装过好多次，然而每次都要翻文档，经常掉进前面掉进过的坑。。。所以这里重新写一份指南，以防下次再装又忘了（魂淡我并不想再装了啊不要立flag） 1. 安装biopython 1.1 因为biopython目前支持的是python2，所以我先把python调到2 1.2 安装numpy (h ...
分类：
编程语言 时间：
2016-10-23 11:29:43
阅读次数：
185
protege Protégé软件是斯坦福大学医学院生物信息研究中心基于Java语言开发的本体编辑和知识获取软件，或者说是本体开发工具，也是基于知识的编辑器，属于开放源代码软件。这个软件主要用于语义网中本体的构建，是语义网中本体构建的核心开发工具，现在的最新版本为5.0.0版本。 Protégé提供 ...
分类：
其他好文 时间：
2016-09-13 11:46:03
阅读次数：
247
