生物信息学原理作业第二弹：利用Needleman–Wunsch算法进行DNA序列全局比对。 具体原理：https://en.wikipedia.org/wiki/Needleman%E2%80%93Wunsch_algorithm。 贴上python代码： 后面会加入命令行。 多种结果这里只取了一种 ...
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2017-11-27 14:14:40
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最近在上生物信息学原理，打算记录一些课上的作业。第一次作业：如题。 基本思路： 1.从GFF中读取CDS的起始终止位置以及正负链信息。GFF格式见 http://blog.sina.com.cn/s/blog_8a4f556e0102yd3l.html. 2.利用起始/终止位置等信息从FNA文件中提 ...
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2017-11-27 00:14:03
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sra文件转换为fastq格式 1 fastq-dump -h 1 fastq-dump -h 1 fastq-dump -h 1 fastq-dump -h 1 fastq-dump -h fastq-dump -h --split-3 也就是说如果SRA文件中只有一个文件，那么这个参数就会被忽略 ...
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2017-10-30 11:25:06
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首先： support vector classify（SVC）支持分类机做二分类的，找出分类面，解决分类问题 support vector regression（SCR）支持回归机做曲线拟合、函数回归 ，做预测，温度，天气，股票 这些都会用于数据挖掘、文本分类、语音识别、生物信息，具体问题具体分析 ...
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2017-10-16 12:18:31
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Python类 Rodeo 绘图 Markdownpad2 open live Writer 有道翻译/金山翻译/欧路翻译 有道云笔记 TIM uTorrent 腾讯微云 鲁大师/360驱动大师 iSurrround Firefox/谷歌浏览器/360极速浏览器 六快拨/马上六 逍遥安卓 ...
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2017-10-09 09:55:12
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BioNano数据的管道 K-INBRE生物信息学核心为BioNano分子图或预组装的BioNano基因组图谱创建了易于使用的管道，用于多次常规的组装和/或对准实验。 所有管道都有样本数据集和教程。管道从您从测绘设施收到的原始数据或汇编的基因组图谱中完成分析。 在使用这些脚本之前，不需要命令行的体验 ...
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2017-09-23 18:53:27
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恢复内容开始 姓名：袁琳琳 学号：2117216077 专业：计算机 方向：生物信息 本科哈尔滨医科大学，专业生物信息学，主修课程有统计学，计算机，生物，学习及参与过生物信息相关的 课题，会做些生物数据的处理及统计分析，会将结果可视化，编程能力不强，但是对计算机有兴趣，希望可 以紧跟班级及小组的步伐 ...
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2017-09-17 17:28:50
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概述 作为生物信息学中的基本组成和重要基础，生物序列比对旨在找出两个或多个生物序列之间的相似性，发现生物序列中的功能、结构和进化信息。 生物序列比对在现实生活中有广泛的应用价值。从核酸和蛋白质序列出发,分析序列中表达结构和功能的生物信息；在序列分析中,将未知序列同已知序列进行相似性比较是一种强有力的... ...
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2017-09-17 15:03:53
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平时习惯性的在网上看一些有关于自己专业（生物信息）有关的信息，在这个过程中渐渐大概知道了解了python这种语言，被很多人描述为简单、强大的一种编程语言。应用于生物信息专业大概是用强大的库进行数据处理分析。于是选上了python开始了学习。几次课下来发现python确实有独特的魅力，学习的过程伴随着 ...
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2017-09-16 22:06:18
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概述 动态规划（英语：Dynamic programming，简称DP）是一种在数学、管理科学、计算机科学、经济学和生物信息学中使用的，通过把原问题分解为相对简单的子问题的方式求解复杂问题的方法。动态规划常常适用于有重叠子问题和最优子结构性质的问题，动态规划方法所耗时间往往远少于朴素解法。动态规划背 ...
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2017-09-10 12:33:28
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