R语言系列：生成数据 (2014-05-04 17:41:57) 转载▼ R语言系列：生成数据 转载▼ 标签： r语言 教育 分类： 生物信息 r语言 教育 生成规则数据1、使用“:“，如x=1:10，注意该方法既可以递增也可以递减，如y=10:12、seq，有两种用法：①seq(起点，终点，步长) ...
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2017-04-05 19:02:56
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小hunter，原名小兔，生物工程硕士。因为嫌弃现在工作的无聊和低工资，所以在老男孩那边报了一个班，6840，开始了我python之旅，向着生物信息学领域“进军”。 从一开始得很排斥编程，很讨厌debug；到后来会自己查资料，查代码，debug。提交了3次作业后，慢慢发现，自己其实也能把这件事情做好 ...
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2017-01-14 22:59:30
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参考：吴祖建, 高芳銮, 沈建国. 生物信息学分析实践[M]. 科学出版社, 2010. 薛大牛说过，搞生物信息的不能挑食，有啥就该做啥。 生物信息中的一大热点就是进化分析，推断出一个物种在整个群体中的进化过程。 先读一篇科普文章：（源宜基因） 生物的进化指的是生物群体性质随时间经历的变化。分子生物... ...
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2017-01-09 18:07:06
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每过一段时间就要读一遍，看看自己现在到底在哪个等级了。 前几天去南京参加两年一度的全国大会CCBSB2014，今年是第六届，见到许多熟识的前辈和老朋友，也结识了不少新朋友。相比于两年前在哈尔滨开的第五届大会，参会人数又多了100多。连大会特邀报告算上，总共76位学者做口头报告，其中30位学者我之前并 ...
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2017-01-09 16:43:20
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搞生物信息的必须搞清楚这几种同源关系！ 参考：直系同源和旁系同源 直系同源(orthologous) 指的是不同物种之间的同源性，例如蛋白质的同源性，DNA序列的同源性。Orthologs是指来自于不同物种的由垂直家系（物种形成）进化而来的蛋白，并且典型的保留与原始蛋白有相同的功能。 旁系同源（Pa... ...
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2017-01-08 21:26:54
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Paper这个东西是多么的诱人，可以毕业，可以评职称，可以拿绩效。 现在的文章都是有套路的，也不能说是水文，但大多是一个模式下的产物，真正有价值的好文其实是少之又少的。 大部分的Paper都是八股文，只需要填词就好了。 Transcriptome analysis of leaves, roots ... ...
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2017-01-03 18:24:30
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参考： Suffix array - Wiki 后缀数组(suffix array)详解 6.3 Suffix Arrays - 算法红宝书 Suffix Array 后缀数组 基本概念 应用：字符串处理、生物信息序列处理 后缀：学过英语的都知道什么叫后缀，就是从某个位置开始到字符串结尾的特殊子串，... ...
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2016-12-29 10:42:24
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用“machine learning genomics”在 biorxiv 中检索（限定一下Bioinformatics领域），查看最新文章的标题和摘要，看看机器学习都能做些什么实际的项目。 1.Machine-learning annotation of human splicing branch... ...
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2016-12-28 14:55:49
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SVM迅速发展和完善，在解决小样本、非线性及高维模式识别问题中表现出许多特有的优势，并能够推广应用到函数拟合等其他机器学习问题中.从此迅速的发展起来，已经在许多领域(生物信息学，文本和手写识别等)都取得了成功的应用.在地球物理反演当中解决非线性反演也有显著成效，例如（SVM在预测地下水涌水量问题等） ...
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2016-12-26 00:08:29
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连续的四个碱基的重复不能判断是否有多个碱基的重复publicclassTestConsecutiveBases{
publicstaticvoidmain(String[]args){
java.util.Scannerinput=newjava.util.Scanner(System.in);
System.out.print("Enterthenumberofvalues:");
StringDNASeq=input.nextLine();
if(is..
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2016-12-25 19:00:53
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