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搜索关键字:生物信息    ( 143个结果
生物信息相关国家自然科学基金汇总(持续更新中)
项目题目 申请人 申请单位 经费 年份我国驯养酵母菌资源、遗传多样性与群体演化研究 白逢彦 中科院微生物所 90万 2015基于`翻译组学`的酵母有氧发酵途径翻译调控的进化机制研究 ...
分类:其他好文   时间:2015-01-29 01:21:14    阅读次数:707
从工作环境说起
一、操作系统公司配备的是一台dell台式机,配置不高奔腾的芯。上面曾经跑过XP、Win7、Ubuntu、Centos、Federa。起初我在公司干的是生物信息,所有项目在HPC上完成,集群搭载centos系统。当时我面临这两个选择:一是直接在终端上用vim,另一个使用windows下的第三方编辑器。...
分类:其他好文   时间:2015-01-14 09:36:27    阅读次数:170
[转] 隐马尔可夫模型(HMM)攻略
隐马尔可夫模型(Hidden Markov Model,HMM) 最初由 L. E. Baum 和其它一些学者发表在一系列的统计学论文中,随后在语言识别,自然语言处理以及生物信息等领域体现了很大的价值。平时,经常能接触到涉及HMM的相关文章,一直没有仔细研究过,都是蜻蜓点水,因此,想花一点时间梳理下...
分类:其他好文   时间:2015-01-09 12:05:06    阅读次数:193
CRF 条件随机场
条件随机场模型是Lafferty于2001年,在最大熵模型和隐马尔科夫模型的基础上,提出的一种判别式概率无向图学习模型,是一种用于标注和切分有序数据的条件概率模型。 CRF最早是针对序列数据分析提出的,现已成功应用于自然语言处理(Natural Language Processing,NLP) 、生物信息学、机器视觉及网络智能等领域。 1.序列标注的例子 标注(实体命名识别):任命...
分类:其他好文   时间:2014-12-03 15:46:28    阅读次数:242
centos7 下安装生物信息软件的问题小总结
1、安装samtools与bwa时: 缺少zlib库 下载zlib库cd zlib/CFLAGS="-O3 -fPIC" ./configuremakemake install然后在进入samtools 进行make2、安装rpm包是 依赖而不能安装! rpm -ivh xxx.rpm --n...
分类:其他好文   时间:2014-11-20 13:34:35    阅读次数:213
Biometrika
Biometrika是牛津大学的周刊,重点是关注生物,数学,生物信息学http://biomet.oxfordjournals.org/
分类:其他好文   时间:2014-11-16 10:42:07    阅读次数:153
生物信息学家
国内1.翟中和2.邹承鲁国外罗伯特·加罗(Robert Gallo)-----HIV
分类:其他好文   时间:2014-10-25 10:24:52    阅读次数:134
python3.4 or 3.x xlwt replaced with xlwt-future
Q:最近在使用python3.4处理一些生物信息数据,需要将内容保存到excel中,但是,但是,发现xlwt不能再3.4中使用,即使安装也安装不成功。由于xlwt不兼容python3.4(x),不必要使用pip或者easy_install-3.4无味的尝试了差点因此放弃python,使用perl(其...
分类:编程语言   时间:2014-10-19 19:54:59    阅读次数:574
字符串匹配
字符串匹配是经常遇到的问题,比如信息检索、拼写检查,甚至是生物信息学中DNA相关的问题。1、比较简单的匹配算法是直接暴力匹配,算法原理:1)取指针i,j分别指向字符串S和目标串P,如果S[i] == P[j],i和j分别自增。2)如果不相等,i回溯到初始位置的下一个位置,即i = i - j + 1...
分类:其他好文   时间:2014-10-07 22:05:14    阅读次数:142
数据挖掘算法学习(五)C4.5
分类决策树算法,其核心算法是ID3算法。目前应用在临床决策、生产制造、文档分析、生物信息学、空间数据建模等领域。算法的输入是带类标的数据,输出是树形的决策规则。...
分类:其他好文   时间:2014-09-24 13:42:06    阅读次数:310
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