vcf格式示例 ##fileformat=VCFv4.1 ##FILTER=<ID=LowQual,Description=”Low quality”> ##FORMAT=<ID=AD,Number=.,Type=Integer,Description=”Allelic depths for the ...
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2018-07-18 21:39:36
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如果需要保存phasing状态，则要用到plink1.9版本中的参数“--keep-allele-order”，在命令行中加上这个参数即可。 参考链接：https://www.cog-genomics.org/plink/1.9/data#ax_allele ...
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2018-07-08 15:37:09
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首先，下载SHAPEIT. 按照里面的步骤安装完后，将vcf文件进行基因型定相，分四步走。 第一步，将vcf文件转化为plink二进制文件（.bed, .bim, .fam）。 这一步需要用到GATK里的GenomeAnalysisTK工具，见如下命令： 注：这里的metaData，输入的fam文件 ...
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2018-06-20 18:57:24
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利用bcftools软件将vcf格式生成gz格式和index格式，需要用到“-Oz”和“index”命令，具体如下： ...
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2018-06-07 17:49:47
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maven将本地jar包导入本地仓库 从maven中央仓库下载下来的jar包手动导入本地库，如下图 以下其中maven的dependency <dependency><groupId>org.molgenis</groupId><artifactId>molgenis-data-vcf</artif ...
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2018-05-30 16:09:35
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Vcf文件格式是GATK钟爱的表示遗传变异的一种文件格式。 就拿GATK给出的vcf例子说明吧，下面这个文件只表示了一个完整vcf文件的前几个SNP。 看上去确实有点复杂，那就把它分为两部分看吧，第一部分把他归为说明文件，就是每一列最前面有2个#符号的那些列所提到的就是为了解释下面“正文”INFO列 ...
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2017-10-12 12:09:05
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学习来源地址： 1，https://github.com/bdeonovic/IDPASE.jl 2， https://www.healthcare.uiowa.edu/labs/au/ Prepare necessary input files （http://www.cnblogs.com/re ...
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2017-09-29 22:46:33
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三星GALAXY S4手机屏幕损坏，能正常开机，无法进行其他操作，拿去修屏幕已经没必要，现在主要把通讯录和照片导出到另一部安卓手机。 导出照片比较容易，手机连接到电脑找到相册文件夹（下图），即可。 下面着重说一下三星手机通讯录的导出。之前没有接触过三星的手机，仍然按照通讯录的一般导出方式开始。发现在 ...
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2017-09-15 14:47:07
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pysam - 多种格式基因组数据（sam/bam/vcf/bcf/cram/…）读写与处理模块（python） 在开发基因组相关流程或工具时，经常需要读取、处理和创建bam、vcf、bcf 文件。目前已经有一些主流的处理此类格式文件的工具，如samtools、picard、vcftools、bcf ...
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2017-08-24 22:42:41
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