VCF2Dis，是一款计算根据vcf文件计算距离矩阵的小工具 1 安装 下载后 tar -zxvf VCF2DisXXX.tar.gz cd VCF2DisXXX make # 添加环境变量即可 2 示例文件进行简单使用 Usage: VCF2Dis -i <in.vcf> -o <p_dis.ma ...
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2021-01-12 11:25:18
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tabix 可以对NGS分析中常见格式的文件建立索引，从而加快访问速度，不仅支持VCF文件，还支持BED, GFF，SAM等格式。 下载地址： 1 https://sourceforge.net/projects/samtools/files/tabix/ 2 3 ##安装 4 wget https ...
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2020-03-25 21:25:40
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因为最近有一项工作是比较填充准确性的，中间有用到vcftools比较两个vcf文件。 使用命令也很简单： 1 vcftools --vcf file1.snp.vcf --diff file2.snp.vcf --diff-site --out Diff.site 运行结束会生成一个名为Diff.s ...
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2019-12-11 21:26:40
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Pysam可用来处理bam文件 安装： 用 pip 或者 conda即可 使用： Pysam的函数有很多，主要的读取函数有： AlignmentFile：读取BAM/CRAM/SAM文件 VariantFile：读取变异数据（VCF或者BCF） TabixFile：读取由tabix索引的文件； Fa ...
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2019-12-05 17:14:17
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1.VCF文件指的是Query还是Reference的变异？ 2.现在的做法到底能不能表达出INS的特征点？ 3.简单说说高通量测序。 4.全三代测序的特点，以及我为什么做二代？ ...
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2019-05-03 18:12:50
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问题：大量表格形式的通讯录信息需要导入手机通讯录，一个个导入太繁琐，制作vcard格式文件批量导入联系人。 解决方案：将批量的表格联系人制作为手机可以识别的.vcf后缀的vcard文件，手机联系人从文件添加。 Step1 制作.csv格式通讯录： excel 制作通讯录表格，类别可设置为：姓名，电话 ...
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2019-02-24 18:51:14
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Excel创建vcf文件，借助百度云助手导入Iphone6PlusSub CreateContractList() Set Wb = Application.ThisWorkbook FilePath = Wb.Path & "\班级通讯录.txt" Set Sht = Wb.Worksheets(... ...
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2018-08-21 22:39:02
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1）背景 伴随着大规模的基因分型及测序工程的产生(例如1000 Genomes Project),之前的信息贮存格式例如gff文件它记录了每一个基因的详细信息，其中许多基因信息在基因组之间是共享的，而我们需要记录的仅仅是不同基因组之间变异的地方，因此这些格式会显得格外冗余。这就迫切需要一种新的格式来 ...
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2018-08-20 12:24:31
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1、下载安装bedtools； 2、生成bed文件；标准的bed文件格式如下： 如果你只有染色体、起始位置和终止位置信息的话，也无大碍。不大标准但是不伤大雅的bed文件格式如下： 3、提取多个位置的vcf文件； ...
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2018-07-25 23:09:11
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annovar软件组件介绍之一——table_annovar.pl（译） 对于初学者，使用ANNOVAr的最简单方法是使用table_annovar.pl程序，该程序采用输入突变文件（例如，VCF文件）并生成带有多个制表符分隔的输出文件，每个列表示一组注释。另外，如果输入是VCF文件，则程序还生成新 ...
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2018-07-18 23:38:17
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