事情是这样的，刚开始接触GWAS就一定会接触到数据质量控制这个东西。我们可以看到网络上各种各样的指导，都是分为individual quality control and snp quanlity control。具体哪个优先，各有各的说法。结合陈文燕博主给的建议，主流行还是先进行individua ...
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2021-04-24 13:51:17
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ADMIXTURE 是常用的群体遗传学分析工具，可以估计个体的祖先成分。与 STRUCTURE 相比，它的速度更快。 下面介绍一下它的使用。STRUCTURE 可以输入 Plink 或者 EIGENSTRAT 格式的数据，这里以 plink 格式的文件为例。 筛选SNP SNP 数量太多，计算会非常 ...
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2020-07-27 09:53:38
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1、下载、安装 phylip软件 官网： http://evolution.genetics.washington.edu/phylip.html wget http://evolution.gs.washington.edu/phylip/download/phylip-3.697.tar.gzt ...
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2020-05-31 23:20:26
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样本间的相关性，可以反映公司加样时是否存在重复加样的错误。 下面简要介绍一下如果利用甲基化数据计算样本间的相关性 ###1、提取甲基化探针的snp位点、CpG的beta值 下面用的示例文件是minfi包自带的。 如果是自己的数据，那么提取甲基化snp位点用的是没有经过过滤的原始数据。 首先，安装： ...
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2020-05-26 19:59:43
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1、IS-IS协议历史起源
2、路由计算过程
3、地址结构
4、路由器分类
5、IS-IS的拓扑结构
6、IS-IS支持的网络类型
7、IS-IS的报文类型
hello报文
LSP报文
SNP报文
8、路由***
9、IS-IS和OSPF的区别
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2020-05-07 09:23:23
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欢迎来到"bio生物信息"的世界 新年的第一篇更文。 祝大家新春快乐！身体健康！ 18号回家以后，经历了如下过程。 20号 喉咙痛 21号 喉咙痛 22号喉咙痛 咳嗽 23 24号 咳嗽 25号 咳嗽为主 鼻塞 夜间咳嗽加剧 26号 咳嗽为主 鼻塞 流鼻涕 夜间咳嗽加剧 27号 咳嗽为主 鼻塞 流鼻 ...
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2020-01-28 17:46:42
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1、PED简介 PED文件格式是广泛使用的用于连锁系谱数据分析的格式，并用作plink程序的输入。PLINK是一个免费的，开源的全基因组关联分析工集，旨在以高计算效率的方式执行一系列基本的，大规模的分析。PED能够处理二倍体SNP数据。 空格(空格或制表符)分隔的文本文件*.ped 每一行对应一个i ...
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2019-12-15 23:25:44
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因为最近有一项工作是比较填充准确性的，中间有用到vcftools比较两个vcf文件。 使用命令也很简单： 1 vcftools --vcf file1.snp.vcf --diff file2.snp.vcf --diff-site --out Diff.site 运行结束会生成一个名为Diff.s ...
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2019-12-11 21:26:40
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单核苷酸多态性，英文single nucleotide polymorphism，缩写为SNP，读音为Snip。SNP主要是指在基因组水平上引起的单个碱基的变异，其在群体中的发生频率不小于1%，包括单碱基的转换、颠换以及单碱基的插入和缺失等。突变（mutation）和多态性（polymorphism... ...
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2019-09-21 10:57:55
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生命组学： 泛基因组学：用于描述一个物种基因组，据细菌基因组动力学，因为细菌的基因漂移使得各个细菌之间的基因组差异很大，（单个细菌之间的基因组差异是以基因为单位的gain&loss，而人类基因组，在个体角度两个人之间基因组差异不到1%，主要是SNP，所以CRISPR/Cas9也由细菌得来），所以转而 ...
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2019-09-12 09:41:28
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