最近一直在处理samtools freebayes gatk 产生的snp数据， 结果文件都是vcf，于是自己就写了相应的类，但是总是不够完善。 海宝推荐这个模块，他都推荐了 我还抱着我那烂代码不放干啥 之前写的就当练习类了安装：sudo pip install pyvcf然后报错说没有counte...
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2014-08-18 20:13:42
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互信息已广泛应用于特征选择问题，但应用在 SNP 选择上还存在着一些局限。第一，互信息只能衡量一个 SNP 组合与表型的相关性， 无法衡量多个 SNP 与表型的相关性。第二， 利用互信息排序 SNP 时，隐含着一个假设，即： SNP 间是相互独立的，不存在着依赖关系。然而事实上，SNP 间存在着广泛...
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2014-08-04 20:54:57
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在windows 2003 sp2 或者 windows 2008 rac环境中，可能会由于默认的SNP（ Scalable Networking Pack）特性会导致 实例驱逐或者节点驱逐...
1， 今天在调用call的时候出错：File "/share/Public/cmiao/MyScripts/call_snp_pipeline/call_snp_pipeline.py", line 115, in pre_tophat2 call(['bowtie2-bulid', i, p...
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2014-06-26 16:27:17
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选择的品种组合为：父本（p1）9311，为籼稻。 母本(p2)12，为粳稻。 后代（f1）F12.数据为RNA-seq数据。R 代表root, L 代表leaf。参考基因组选择日本晴。数据位置：参考基因组:/share/bioinfo/miaochenyong/call_snp/Osativa_20...
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2014-06-17 14:51:52
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1, Creating the fasta sequence dictionary
filejava -jar CreatSequenceDictionary.jar R=sequencename.fasta
O=sequencename.dict2,Creating the fasta index...
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2014-06-10 12:23:44
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1， 如果是DNA数据， 那就是选择标准的参考基因组。2， 如果是RNA-seq数据，
能否用参考基因组的cDNA 数据呢？ 答案是否定的，因为存在着选择性剪切，所以，一个基因可能对应着多个mRNA, 那么你进行比对的时候很容易出现一个read
比对到多个地方， 这种情况可能会导致比对结果出现误差。...
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2014-06-02 09:28:28
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samtools 之前博文已经介绍过一些常用的方法。本篇主要说下如何利用samtools 和
bcftools来call snp。和其他工具一样，bam文件都要经过处理（另见博文）。假如对C17样本进行call snp,
数据为：LC17-1_L002.sorted.rmp.rg.recal.bam...
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2014-06-02 07:29:20
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用GATK call snp 的同学都会为繁琐的数据前期处理而苦恼，甚至放弃GATK
而用别的工具，对于bam文件，read group信息是必不可少的，别的软件也许只需要一个sample name， 而在GATK中
除了SM（sample）是必须的之外，还需要read group ID, plat...
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2014-05-29 23:04:38
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