santools可以作为文本查看工具,查看比对结果文件,下面做一简单介绍: 1. 通过BWA比对获取sam比对文件,也可以将fastq文件转化为bam/sam文件; 2. 转换sam文件为bam文件,samtools view -bS seq.sam > seq.bam 3. 对bam文件进行排序, ...
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2016-11-12 20:12:25
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GCTA(全基因组复杂性状分析)工具开发目的是针对复杂性状的全基因组关联分析,评估SNP解释的表型方差所占的比例(该网站地址:http://cnsgenomics.com/software/gcta/)。目前GCTA工具可实现以下功能: 1 评估全基因组SNP的亲缘关系(遗传关系) 2 评估全基因组 ...
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2016-10-22 00:17:22
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在之前的文章中我介绍了如何使用SnapKit的 snp_makeConstraints 方法进行各种约束的设置。但有时我们的页面并不是一直固定不变的,这就需要修改已经存在的约束。本文介绍如何更新、移除、代替现有的约束。1,删除约束要实现对现有的约束进行更新或者移除,我们需要先将约束的结果赋值给一个局 ...
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2016-09-13 16:29:04
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弹出“more than two alleles”的错误是因为ped文件中存在超过两个等位基因在一个SNP位点上,haploview连锁分析时默认为只有两个等位基因的,因此我们要去掉超过两位等位基因的SNP才能做连锁分析。 用到命令:--min-alleles 2 --max-alleles 2 具 ...
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2016-09-09 09:56:58
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GATK(Genome Analysis Toolkit)是美国Broad Institute研发的一套检测SNP(SNP calling)的流程。测序后的碱基质量由于测序过程中的物理化学反应和测序仪的瑕疵会导致碱基质量偏离真实情况,为了矫正碱基质量,BaseRecalibrator程序被开发出来。 ...
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2016-07-24 17:54:09
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SNP数据(txt)文件可以在此下载:http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg19/database/ 下载、解压data之后,启动MySQL server,登录进入MySQL 这样就制作完成! 然而,另一个问题自然而然地显现:SNP146 datab ...
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2016-05-14 08:58:56
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Altium Vault 2.5.9.45043.rarCRTECH_THERMAL_DESKTOP_V4.8D.zipCST STUDIO SUITE-2015.zipFormtec Ncspeed v6.1.1.2.rar(模仿并解析如何加工材料的工具.) 一款模仿并解析如何加工材料的工具.可以...
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2015-09-11 00:07:13
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CREATE TRIGGER IC_Deploy_SNP_TRIGGER ON IC_DeployFOR Insert,UpdateASBEGIN DECLARE @LocalOrgCode CHAR(3); DECLARE @OutOrgCode char(3); ...
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数据库 时间:
2015-01-15 00:22:44
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SnpEff is a variant annotation and effect prediction tool. It annotates and predicts the effects of variants on genes详细的说明请阅读:http://snpeff.sourceforg...
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2014-09-16 23:26:11
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