首先，进入NCBI的主页网站：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/variation/view/ 进入后，在下图红色框框位置输入目的SNP，比如rs608139 输完后，出现如下结果，箭头指向的是该SNP当前所在基因座的位置，即p21，由于该SNP在2号染色体上，因为我们也写为 ...
分类：
其他好文 时间：
2017-04-12 21:41:45
阅读次数：
1128
首先，进入千人基因组数据库的网站：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/variation/tools/1000genomes/ 如下图所示，在数据库的框框里输入我们感兴趣的SNP，比如rs608139 搜索后出现如下界面，黄色区域是我们感兴趣的SNP，红色框框是不同国家和地区在 ...
分类：
数据库 时间：
2017-04-12 21:17:58
阅读次数：
669
1.1赋权（将crh_snp用户赋权具体创建dblink权限）在sys用户下，把CREATEPUBLICDATABASELINK，DROPPUBLICDATABASELINK权限授予给你的用户grantCREATEPUBLICDATABASELINK，DROPPUBLICDATABASELINKtocrh_snp;1.2具体创建db_link然后以crh_snp用户登录本地数据库,执行以下语名creat..
分类：
数据库 时间：
2017-04-07 00:03:19
阅读次数：
270
1、 http://blog.sciencenet.cn/home.php?mod=space&uid=1469385&do=blog&classid=166694&view=me&from=space [转载]如何使用SnpEff 对SNP结果进行分析 [转载]基因组变异检测概述 ：重要要看看 [ ...
分类：
其他好文 时间：
2017-02-19 20:09:50
阅读次数：
214
一， Hapmap Format 前11列是SNP的attributes, 其余列是 nucleotides observed at each SNP for each individuals。tab 分隔. 第一行是header 每一行代表一个SNP。 Genotypic data 可以是doub ...
分类：
其他好文 时间：
2017-02-19 12:54:21
阅读次数：
1234
http://blog.sciencenet.cn/blog-1469385-819498.html 文章目录 一.准备工作 二.流程概览 三.流程 首先说说GATK可以做什么。它主要用于从sequencing 数据中进行variant calling，包括SNP、INDEL。比如现在风行的exom ...
分类：
其他好文 时间：
2017-01-20 16:04:49
阅读次数：
504
有三种方法!is.na,na.omit,complete.cases
>d<-read.table("GWAS_s2.qassoc",header=T,stringsAsFactors=F)
//文件行数
>nrow(d)
[1]431493
>d1<-subset(d,select=c("CHR","SNP","BP","P"))
//计算非NA的行数
>num.bool<-complete.cases(d1)
>head..
分类：
编程语言 时间：
2017-01-10 10:20:45
阅读次数：
417
Indel Calling相比于SNP Calling的难度要大一些，因为由于这种插入-缺失的存在，本身就很容易干扰排序，这种干扰会导致Indel周围出现很多假阳性的SNP，而且会影响Indel本身的准确性。理论上来说，检测Indel的最好方式就是做de novo assembly，然后比较de n ...
分类：
其他好文 时间：
2016-11-13 11:46:38
阅读次数：
666
